行政院促轉會審視12年國教新課綱草案後，提出4大缺失，包括「美化黨國體制」、「課綱條目未列入德國納粹大屠殺」、「高中必修無二二八事件與白色恐怖」、「稱追求轉型正義可能引發衝突」等，與促進轉型正義背道而馳，應加以修正。
先確立訓政時期黨國體制，才能與白色恐怖銜接
根據自由時報9日引述促轉會委員、台大歷史系教授花亦芬所說，轉型正義要能落實及推動，教育是最重要一環，新課綱的當代台灣史國中課程，「中華民國統治體制的移入與轉變」條目，與轉型正義精神本末倒置，無助解決國民黨以訓政時期為藉口，打造起來的黨國威權體制，無疑在美化黨國體制。
花亦芬表示，「沒有實施憲政，就開始戡亂！」她說，「中華民國憲法」雖在1947年12月25日施行，但國民黨政府早在同年7月就下令動員戡亂，1948年國民大會通過「動員戡亂時期臨時條款」，以動員戡亂架空憲法；應改成「在訓政時期以黨領政打造黨國體制」，才能與「二二八事件與白色恐怖」條目銜接。
花亦芬也指出，高中必修課程沒有明定要上二二八及白色恐怖，僅在「追求自治與民主的軌跡—戰後的民主化追求與人權運動」條目說明欄，註明二二八事件期間遭殺害本土精英，明顯「窄化」轉型正義。
再者，新課綱規劃只有人文社會組高三學生，在「現代戰爭與國家暴力」選修課中，可認識國家暴力與轉型正義，但說明欄卻有問題，對於「不正義」問題，只談「誰」該負責？完全避談「組織」責任。
蔡政府廢104課綱，改回101課綱
新課綱將從2019年9月起實施，是民進黨政府再次執政後，廢除前總統馬英九時代的課綱微調（又稱104課綱），改回101課綱，這也是蔡英文上後總統後第11天，依大選時向「反黑箱課綱」學生的承諾，此外還有刪減中國史與降低文言文的比例。
其中，關於馬版104課綱，有關「光復」台灣的争議，特別强調為：「說明開羅宣言、波茨坦宣言內容與中華民國政府光復台灣…」，更改為「說明中華民國政府接收台灣、中央政府遷台及台灣國際地位確立的過程…」，也就是把開羅宣言、波茨坦宣言從課綱中刪除。
台獨學者沈建德，日前曾與台南市議員李文正召開記者會，聲稱課綱雖把「台灣光復」改為「接收」，課文仍寫「台灣歸還中國」，顯示蔡英文已被蒙蔽2年。李文正表示，高中歷史第一册，全國有9個版本，課文大同小異都還寫〔開羅宣言中美英3國「聲明」戰後台灣歸還中華民國云云〕，違反課綱，亦即違法。
新課綱關於台灣地位，留給學生自己思考
沈建德與李文正引自國教院的說法，國史館藏的開羅「會議公報全文」是其根據的史料原文；但經過查證，「會議公報全文」表明是「概括之聲明」而非開羅宣言，而「台灣歸還中華民國」，在「會議公報全文」上沒寫是中美英3國的共同宗旨，只是3國的宗旨。
因此，課文所寫開羅宣言中美英3國「聲明」戰後台灣歸還中華民國等，是偽造歷史，與中國串通，以謊言當教材欺騙學生，矇騙蔡英文。李文正並提案要求，「蔡英文注意上述教育部的違法事實，立即下令改正違法的課文」。
據了解，新課綱草案中已沒有「開羅宣言」、「中日和約」或「舊金山和約」等，這是一種不預設前提的方式，讓教科書編者與歷史老師透過討論方式，引導學生自己思考。
據報導，12年國教社會領域課程綱要研修小組召集人張茂桂表示，尊重社會各界的評論，課綱已進入審議階段，後續會根據課審大會審議的決議，進行修改和調整；教育部次長林騰蛟說，各界若有意見，可反應給國教院，提供給課發研修小組及教育部課審大會審議參考。
