國民黨中常會5月30日提案決議，取消以全民調作為新竹縣長初選標準，改為除了全民調外，可授權黨中央以徵召、開放參選等形式決定參選人，此舉被視為是可能基於地方派系反對林為洲的考量，改徵召副縣長楊文科參選，甚至可能是與同樣參選縣長的民國黨主席徐欣瑩合作，進行第二階段民調的準備動作。
依據國民黨中常會去年10月通過「107年直轄市長暨縣市長選舉候選人提名特別辦法」規定，若參選人無法協調產生提名人選，就依據「中國國民黨黨員參加公職人員選舉提名辦法」，也就以是全民調的方式進行黨內初選。
林為洲「被做掉」，黨內立委與馬英九都馳援
不過，為了新竹縣長提名及未來2020年的布局，以吳敦義為首的黨中央做出推翻原先標準的決定，在黨內引發不滿，除了林為洲本人，包括蔣萬安、柯志恩、陳學聖等青壯派立委，也公開表態支持回歸原先決議的全民調制度，正式引爆這場茶壺內風暴。
首當其衝的林為洲更尋求黨內大老的協助，以爭取轉圜空間。林在5月21日貼出拜會前總統馬英九的照片，並與馬說明事件脈絡。然而黨中央仍按規劃在中常會做出決議，讓林為洲與黨內不滿人士串聯，也引起了馬英九的關切。據了解，雖然馬一開始並不介入黨內初選，但在國民黨青壯立委正面表態後，馬的發言力道也增強，讓吳與馬之間的矛盾開始浮現。
即使黨中央派出副主席曾永權、組發會主委李哲華親往說明，馬英九仍希望照制度走。馬在7日透出新聞稿表示，為免造成親痛仇快，黨內初選只要按照原有制度走，大家都不會有意見，也最能弭平爭議。馬也表示國民黨沒有分裂的本錢，一定要團結才能勝選。
兩位前主席都反對，吳敦義不改其志
在馬英九之後，另一位前主席洪秀柱也發聲明呼籲應依照中常會原決議，而前總統府副秘書長羅智強也發難力諫。黨內有異見者大多認為，如果林為洲確定是民調最領先者，即便黨中央認為林無法獲得地方派系支持，最後更改已經確定的全民調制度，難免被批評因人設事。
不過，雖然遭到黨內各方批評，負責領導全黨的吳敦義也仍堅持決定未改，仍主張按照中常會的最新決議，挑選黨內最受歡迎、最受信任的人來參選，吳還強調已經「知道他（馬）說了那些話」。而馬英九在與吳同台當天後的說法也一樣堅持，表示自己的想法從昨天到今天都沒有改變，希望黨能按照制度走。
遭馬公開反對，吳傳出改行程避同台
值得注意的是，國民黨台北市黨部8日上午在文山區指南宮舉辦「北市婦工總會後援會成立大會」，重要來賓馬英九、北市長參選人丁守中都早早確認出席，而參與來賓也接獲吳敦義將出席同台的訊息，但國民黨卻對媒體表示吳敦義無公開行程，在當天經媒體追問後才坦承吳將出席，且吳當天到現場的時間卻也一改再改，最後遲到近半小時才露面，顯見吳是企圖避見馬英九，但行程已定又不得不出席。
黨內人士說，這樣的問題都起於國民黨被人詬病的初選制度，只學了「半套」。取消黨員投票，全民調的初選制度是仿效民進黨，但民進黨會事先確定哪些是沒有執政、上次票數差距太大的艱困選區，並一律由黨中央徵召人選，而國民黨卻全部以全民調決定，所以才發生有的地方爭執不休，有的地方沒人敢選的困境。但黨中央卻經常又強調中立而不願介入，最後惹出很多麻煩。如果這次麻煩處理不好，未來恐怕將讓吳敦義的領導威信受到挑戰。
