為了新竹縣長初選提名制度一事，吳敦義領導的國民黨中央決定，撤銷全民調作為參選人的產生方式。即便吳是自己過去的副手，前總統馬英九也不惜公開表達對吳的歧見，面對竹、苗兩縣藍營客家鐵票區，有輸不得壓力的吳敦義似乎已與馬英九走上不同的道路。
即便包括馬與洪秀柱兩位前主席，還有黨內青壯派立委、前總統府副秘書長羅智強等人都跳出來反對，吳敦義也堅持遵守中常會最新做出的決議，使得民調高卻不受地方派系支持的立委林為洲，順利出線的機會大減，也讓馬英九公開與吳敦義槓上，互不相讓的兩人似乎漸行漸遠。
在指南宮搭檔並分手，政界傳聞馬英九將復出再選
在發表希望不要更改初選制度新聞稿的後一天，馬英九與吳敦義，還有北市長參選人丁守中排定在文山區指南宮共同參與市黨部的婦女會活動。可能是為避免尷尬，吳敦義是否出席的行程竟反覆不定，最後才確定在遲到的情況下再度與馬同台，因為意見不合而，媒體也觀察到雙方當天互動有些尷尬。
而巧合的是，指南宮正好是在2011年馬吳宣布搭配競選的6月19日當天，馬吳連袂出席的第一個活動地點，沒想到在7年後的同一個地點，馬吳卻因為各自對初選制度的堅持而走上不同道路。
馬英九卸任後雖然淡出政壇一段時間，但隨著洩密案、三中案等「司法打壓」壓力襲來，為了保持政治能量，健康且活動力強的前總統開始積極參與校園演講，也不時到各地訪友參觀，還為黨內同志助選掃街，因此也不時傳出包括陳樹菊等基層民眾在內，都希望馬再選總統的聲音。
馬英九、張善政將合作參選？
從馬英九健康且活動力強，同樣也對現任政府時有指點態度來看，政壇人士都認為馬應該仍有再度參選的企圖心。馬英九甚至選在520蔡英文就職二周年，接受「TVBS看板人物」的電視專訪，在長達1個鐘頭專訪節目中自述，自己雖然到了退休的年齡，但沒想過退休的事。
政界也有傳聞，馬可能會與現在同樣積極參與公共事務，現在被視為「無色力量」代表之一的前閣揆張善政搭檔，說不定是一組最讓人意外的人馬。
張善政也在11日氣象達人彭啟明主持的「彭博士觀風向」直播節目中首度透露，確實很多人叫他出來選（總統），這是無形中顯現出大家對小英政府的失望。張善政現在還傳出將出任丁守中競總主委，未來在泛藍陣營內勢必會扮演重要角色。
吳逐漸轉向與朱立倫結盟？
另一方面，從最近出爐的多個民調趨勢來看，朱立倫已成為藍綠政治人物中的領先者，不但信任感已勝過總統蔡英文，施政滿意度好，更領先黨內領導人吳敦義，而且還是民眾最不希望看他退休的「畢業班」首長，看起來已經走出2016年的敗選陰霾，有逐漸回溫之勢。
人氣回溫的朱立倫，在卸下直轄市首長職務後，接下來就是放眼2020年的參選可能，近來朱立倫在地方走訪時也不時有新聞報導，有當地阿公阿嬤開始簇擁他選總統的聲音出現。過去已有國民黨不分區立委在與朱餐敘後透露，朱在會中就已吐露2020缺人幫忙的心聲，顯見未來一定有捲土重來的計劃。
面對各界好奇自己卸任後如何規劃，朱立倫不露口風地說，要回家去問太太。民進黨議員語帶諷刺地說，朱立倫可以去當兩岸和平特使。國民黨新北市議員林金結則說，朱立倫會幫國民黨候選人輔選，在年底選舉後也會開始全台跑透透，向各界輔選他的朋友請益。
朱家軍與吳密集助選
雖然朱立倫是最大的黨內潛在對手，但外界發現吳敦義近來與朱立倫的關係似乎「越來越好」，從6月1日前台北縣長周錫瑋作東的感恩餐會，吳敦義與朱立倫都出席同桌共飲，還有要接班的前副市長侯友宜，在跑行程之際也特地趕來敬酒合照，營造團結氣氛。
不僅如此，作為朱家軍的侯友宜，在同天也南下與參選高雄市長的韓國瑜一同造勢；而吳敦義本人則除了2日下高雄陪韓國瑜造勢，還在3日到台南陪參選南市長的高思博跑行程。作為吳敦義指派的高雄市黨部主委，韓是吳屬意的高雄市長參選人；而高思博是朱立倫妻舅，被視為朱家軍的參選人，吳敦義與韓、侯一連串的動作，都讓外界看得印象深刻。
一位不具名的吳敦義幕僚認為，外界都清楚吳敦義的志向，但是在這次競爭者眾的局勢下，未來勢必要辦總統初選。朱立倫、馬英九如果有意，就必須下場一同競賽，這三組人馬各有千秋，即便吳敦義目前較為不討喜，但馬或張想要參選，也有各自的困難。
這位幕僚表示，吳的優勢是掌握中常會多數席次現任主席，在規則制定上有主場優勢，即便現在朱立倫的民調有優勢，只要給吳敦義時間跑，最後鹿死誰手尚不一定。 這場牽動2020年的年底期中大選，已經因為各自的利害盤算，讓表面上高喊團結的國民黨內部開始起了化學變化。未來黨內要如何合縱連橫，似乎已出現精彩的新發展。
