監委陳師孟針對2003年扁政府時代機密外交「安亞專案」，申請調查前特偵組檢察官在調查該案時是否涉及洩密、違反偵查不公開及濫權起訴等。
特偵組是否違反偵查不公開？
陳師孟表示，2003年外交部與總統府國安會，為鞏固我國於「世界貿易組織」（WTO）之權益，執行機密外交「安亞專案」，特偵組明知案情屬極機密範疇，卻認為國安會秘書長邱義仁與外交部次長高英茂，是為了詐騙公款而捏造此案，儘管證人與證據均對嫌疑人有利，卻仍以「貪污罪」聲押邱義仁，並起訴邱、高兩人。
陳師孟指出，前特偵組於偵查期間，疑將實質案情及偵查結果屢屢外洩給媒體，造成輿論審判，為深入瞭解特偵組是否違反偵查不公開原則與觸犯國家機密保護法，以及有無濫權羈押、起訴等情事，提出調查。
陳師孟強調，特偵組是否於政黨輪替後因求功心切，罔顧台灣的國家利益與國際處境，將偵查結果透露給媒體？是否故意無視於昭昭證據，卻執意對無辜之人濫行羈押、起訴、與上訴，致有明顯枉法濫權？確實有詳予探究及瞭解之必要。
3年後無罪定讞，是場烏龍還是濫訴？
安亞案是在2009年經《壹週刊》389期報導而揭發，特偵組因而展開調查，認為國安會及外交部均無此一專案的詳細檔案資料，指控邱義仁明知外交機密的「安亞專案」只有三期，卻捏造有第四期專案，以公文直接要求撥款，涉嫌貪污；至於高英茂則是配合辦理，亦一併遭起訴。
根據當時特偵組的起訴內容，2005年1月間，邱義仁為避免我國在世貿組織名稱被矮化，擬行賄收買世界貿易組織前秘書長、泰國籍的蘇帕猜（Supachai Panitchpakdi）與相關人士，金額約60萬美金（約新台幣5000萬）以上。邱以國安會議秘書長函，發文指示外交部將50萬美元匯入國安會指定帳戶。高英茂指示外交部人員以旅行支票將款項匯出，由國安會副秘書長柯承亨在美國領取，交付相關人士。
但是2011年8月，台北地方法院合議庭判決邱義仁、高英茂無罪；2012年6月，台灣高等法院也維持無罪判決，認為該外交款項確實運用在台灣為確保參與國際組織時名稱不遭矮化，屬公款公用，無貪污事證，全案定讞。
與陳水扁有關的案件都不能查？
不過，陳師孟擔任監委所調查的第一案—「2009年司法節慶祝大會演出諷扁行動劇」事件，台灣台北地方檢察署前主任檢察官慶啟人，申請陳師孟迴避一案，監察院紀律委員會決議，陳師孟應迴避調查，並將審議情形及決議依監察法施行細則第3條第2項規定，陳報院長核示，希望尊重委員會決定。
紀律委員會認為，陳師孟於1994年12月25日至1997年7月31日，擔任台北市副市長，是時任市長陳水扁所敦聘，另外陳師孟於2002年2月1日至2003年2月5日擔任總統府秘書長，也是由時任總統的陳水扁敦聘，因此二人在過往工作屬性上，曾有密切的職務關係，有必要迴避的情況。
紀律委員會表示，監察院前院長王建煊也曾自動調查前秘書長陳豐義，具有首長與幕僚長職務的密切關係，當時紀律委員會亦決議王建煊應予迴避。有此前例，在「諷扁行動劇」一案上，與會監委都一致同意，陳師孟應迴避調查。
陳師孟對此除痛斥「非常意外」，還說這是「政治運作」，以後監委還能辦什麼事？他會先申訴，若無法申訴，將打算開記者會交給社會公評。若說自己與陳水扁有緊密關係，那麼所有與陳水扁有關的案件都不能調查？
陳師孟也抨擊，即將要調查邱義仁的案子（安亞案），是否變成與自己有密切關係，因為邱義仁曾任國安會秘書長，這樣漫無邊際地牽連也可作為判定迴避的理由，「實在是莫名其妙」。
