做為第三勢力小黨，綠黨在年底大選動作積極，不但在桃、竹地區擴大提名以爭取成立議會黨團，現在更插旗首都參選議員，要與同為第三勢力的時代力量及社民黨在北市爭奪地盤。面對藍綠大黨與其他小黨的競爭，綠黨現在更準備要與台北市長柯文哲見面討論合作事宜，也是藉柯的高支持度衝高人氣，並穩固新竹的選情。
綠黨全國召集人王浩宇2日表示，綠黨在召開中執會後決議，將安排與柯文哲見面，就雙方理念有相近、或有歧見的部分討論，並當面提出質疑，不會迴避敏感問題。
在綠黨傳出有意與柯文哲合作的消息後，有第三勢力與台派的支持者開始質疑，綠黨應該主張維護台灣價值，立場偏獨，為何要與立場親中的柯文哲合作，難道不應對外說明自己立場。
「台灣價值」不是綠黨核心價值，與柯合作不衝突
對於「台灣價值」的質疑，王浩宇表示，綠黨的核心價值理念並非台灣價值，而是環境、人權、民主與自由等，而中國政府對於這些價值的態度與表現，與綠黨發生衝突，因此綠黨反對中國，而非反柯文哲。
柯文哲在民進黨確定提名台北市長參選人後，也積極尋求與第三勢力小黨的合作，希望共同拉抬聲勢，據了解，柯文哲方面在過去就已持續與綠黨保持聯繫。柯更本著「朋友要多，敵人要少」的原則，與各方願意在選舉事務上合作的對象保持友好關係。
綠黨表示，支持柯文哲在禁塑、勞權、預算樽節、交通月票及擴大自行車道上的努力，例如勞權部分，柯文哲就給勞工局長賴香伶非常大的空間，去捍衛勞工權益，而交通月票等政策，與全球綠黨綠色交通的理念相同。
與柯支持者高度重疊，時力同樣很難反柯
台灣政治體制不利小黨生存，在藍綠兩大黨的夾擊下，第三勢力在夾縫中求生，遇到號稱白色力量，超越藍綠的柯文哲，很難拒絕這樣的合作邀約。就連同樣獨派色彩鮮明的時代力量，在台北市議員的選情也同樣與柯文哲保持合作。
時代力量對外表示，採取開放議員參選人「自由選擇」與柯合作的立場，因而可見時力議員參選人不時在公開活動與柯合照、同場站台。但因為柯文哲「兩岸一家親」立場與時力相左，時力北市黨部主委林昶佐強調，時力不可能支持這個立場，所以也不可能挺柯當母雞。
據指出，柯文哲對時代力量「下面巴著他，上面卻罵他」的態度並不滿意，但基於「朋友要多、敵人要少」的立場，對小黨人士的結盟、合作拉抬仍來者不拒，而其實時力與柯文哲支持者有高度重疊，雙方早有默契必須互相拉抬，即便表面上不同意，實際上也很難撕破臉。
除了插旗台北，更要藉柯高人氣衝高新竹選情
基於種種理由，柯文哲與綠黨陣營都認為，若綠黨不與柯合作，可能面臨被邊緣化的風險，且柯文哲的支持度在新竹市是全台最高，包括人氣也很旺的柯爸、柯媽與柯文哲都是新竹人，而新竹也是綠黨經營的重點區域，因此綠黨的新竹市議員參選人都希望可與柯合作。
王浩宇指出，包含台北市中正萬華區的楊時睿、新竹市東區的劉崇顯、北區的易俊宏、桃園區的羅岳峰等議員參選人，及多位中執委都主張與柯文哲加強合作，他將在近期安排與柯文哲會面，當面商討合作的可能。
有人認為，柯文哲連任市長的機率不小，所以綠黨與柯再怎麼有歧見，也要多交流，「應該對柯發揮影響力而非放任他亂走」，綠黨會抱持「理念相同可合作，差異太大也可能隨時分手」的立場。王浩宇說，黨內也有不同人對與柯文哲合作有歧見，至於綠黨是否以黨的名義與柯合作，則須等雙方見面會談後再做決定。
