台北地檢署10日偵結三中案及舊中央黨部大樓交易案，依涉犯證券交易法之非常規交易、特別背信罪、刑法背信等罪嫌，起訴前總統馬英九、前中投董事長張哲琛、前中投總經理汪海清；另依刑法的業務侵占及公益侵占等罪，起訴前立委蔡正元、蔡妻洪菱霙、蔡岳父洪信行等人。
起訴一共分為華夏股權交易、中視股權交易、舊中央黨部大樓及中影股權交易、中廣股權交易、蔡正元等人涉業務侵占阿波羅公司款項等5部分。
一口氣偵結三中、舊中央黨部大樓交易案
其中在華夏股權交易部分，起訴書指出，馬英九藉國民黨將依廣電法規定在民國94年12月26日前退出媒體的名義，用低價及非常規交易方式出脫不當黨產，且明知當時身為國內四大報之一之中時集團董事長余建新因所營平面媒體事業嚴重虧損，財務困難，並無足夠之履約資力， 竟為擴展媒體影響力，未經提報國民黨中常會或中投公司、光華公司董事會討論，就指示張哲琛及汪海清將華夏股權出售給余建新，甚至意圖以巨大價差來圖利余建新。
中視股權交易部分，由於國民黨為趕在黨政軍退出媒體最後期限前，移轉華夏股權掩飾實質出脫黨產，因此在和中時集團余家的榮麗公司就華夏股權交易相關事項、標的及條件都還沒有共識的情況下，就倉促與余建新簽約，導致後來雙方簽約後不久就爆發各種爭議。
然而，為了不讓交易破局，馬英九旋即指示張哲琛、汪海清持續與余建新協商，起訴書提到，馬英九、張哲琛與汪海清共同意圖為了余建新的利益，遷就余建新的資力狀況，一再犧牲中投及光華公司的利益，持續對余建新所提的交易條件妥協讓步，從買三中縮至二中，再變成只買「一中」（中視）。
而在舊中央黨部大樓及中影股權交易部分，起訴書指出，馬英九獨斷與長榮集團前總裁張榮發達成協議，且馬英九、張哲琛及汪海清企圖藉由黨產交易擴展政治影響力，以43億元低價包裹出售舊中央黨部大樓及中影華夏大樓，且又為了維持94年12月24日以出售華夏公司股權方式包裹出售三中的假象，避免外界質疑國民黨及中投實質操縱處分中影，致使最後嚴重低估中影三大不動產價值，讓中投損失重大。
北檢批馬英九「惑於權位」
接著，起訴書點出，中廣股權交易部分，馬英九為了擴展媒體影響力，即便知道當時飛碟電台董事長趙少康無資力承購高達57億元的中廣股權，依然在未提報國民黨中常會與中投董事會的狀況下，主導華夏將57億元中廣股權出售給趙少康，造成中投及光華損失。
總計三中案及舊中央黨部大樓交易，積極損害加消極損害的部分，總損害國民黨的利益合計72億9174萬9716元。北檢批評，馬英九掌握國民黨最高權力，明知國民黨的部分財產有極高爭議，理應充分利用他豐富的行政學能，依循國家法令、兼顧國家社會最佳利益，將如此鉅額財產，以合法、適當的方式妥適處理。
北檢認為，馬英九不思此途，惑於權位，密室暗議，私相授受財產，交易過程馬英九也自陳「太荒唐」，造成國民黨與國家社會重大損失，馬英九的所為別說是善良管理人，「即令愚人也不至為之」。
至於最後蔡正元等人涉背信、侵占部分，起訴則指出，身為阿波羅投資公司負責人的蔡正元意圖利用中影股權交易，自行代表阿波羅簽訂信託契約，藉阿波羅公司製作不實財報資料，侵占中影資產來賺取利益。
