在上任第一天與媒體餐敘時，新任故宮博物院院長陳其南拋出「故宮台灣化」的構想，卻引發爭議，使得故宮博物院在台灣的定位問題再度成為焦點。
其中民進黨大老林濁水率先開砲，他表示「如果不把典藏送回中國，然後說直接這些文物就是台灣化，本土化了的，豈不是說台灣就是中國，本土就中原？」故宮許多典藏多數本就來自中國，新院長的「台灣化」究竟具體是什麼意思？有媒體就舉故宮南院為例，暗喻台灣化的下場可能會淪為蚊子館。對台灣化說法，陳其南僅表示之後會特別針對此事做完整回應。
不過，面對形而上的定位問題，故宮其實還有另一個難題，如何活化這座古老、有上千年華夏文化歷史的博物館，讓大眾尤其是年輕人產生興趣可能是每一任故宮院長都得思考、面對的課題，而外傳這也可能與原院長林正儀離開的原因有關。
「主張台獨，也可以尊崇中華文物」
陳其南表示上任後的重要任務，是「故宮台灣化」，讓故宮典藏文物和台灣文化產生連結，故宮成為「台灣人的故宮」。
根據《聯合報》報導，陳其南以人文地理學中的「飛地（指在某地中有一塊隸屬於他地的區域）」概念來形容故宮。「遊客來看故宮，不是來了解台灣，而是來了解中國」，他指出，故宮一直不被認為是「台灣的故宮」，而是「北京的故宮」，原因是故宮的內在連結不在台灣，因此台北故宮不管怎麼經營，都會成為北京故宮的「飛地」。讓故宮「土著化」、台灣化，內在連結回到台灣就是陳其南想要做的重要任務。
然而，面對「台灣的故宮」這構想，林濁水也質疑「既然是本土，為什麼還叫故宮。『台灣民眾的故宮』？台灣什麼時候有了一個本土皇帝蓋了皇宮，有了取菁用宏的皇室典藏？」是否換掉「故宮博物院」這幾個字，以區別北京故宮就能解決這問題？或許，更重要的是如何處理的大量中華文化與台灣本土文化的糾葛。
陳其南表示，讓故宮「台灣化」，並不代表不尊崇故宮典藏的中華文物。「不論你的國族觀念為何，對中華文物一定要重視或理解」，他說，故宮文物因歷史的巧合來到台灣，「保護發揚故宮文物便是台灣人的責任」。他希望台灣人解開意識形態的糾結，「即使主張台獨，也可以尊崇中華文物，甚至把中華文物保存得比大陸更好」。
其實行政院長賴清德在介紹陳其南時曾表示：「希望他能讓故宮有更豐富多元的樣貌。」陳其南曾是前文建會主委，也是台灣著名的人類學學者，其中最為人津津樂道的便是他於1990年代初期，推動「社區總體營造」理念與政策，後來也被稱為「台灣社造之父」，台派色彩鮮明的他，將如何面對故宮的定位問題，也為外界矚目。
如何行銷故宮是另一個難題
事實上，最近這波內閣改組中，故宮博物院院長是大家都沒猜到的變動。原院長林正儀出身工藝所，懂行銷、文創，2016年5月執掌故宮，強調的與陳其南不同，他希望能讓故宮「年輕化」，其中故宮在這兩年來，最為人樂道的便是網路上宣傳的成功。去年3月，故宮精品臉書粉絲專頁以一則對照「發薪前後的泡麵碗」貼文一夕爆紅，接下來的許多行銷手法都頗為成功，讓粉絲的讚數大增。
結合年輕用語、時事與故宮許多經典古物的「活潑」行銷手法，其實並不容易，也得經歷一番溝通。其臉書小編團隊受訪時曾表示，一開始有些行銷手法也會受到上級詢問擔心，像是一開始在宣傳上連「朕」字都不能用，認為「現在已經是民國，怎麼還可以用『朕』？」然而，事實證明比起八股地介紹故物背後的歷史與美感，新的行銷手法更讓年輕人有感。
而林正儀重於行銷，也曾在故宮舉辦過實境遊戲、密室逃脫、Cosplay等各種次文化活動，邀請網紅、coser逛故宮，希望吸引年輕人進博物館。外傳，卻也因此受到質疑，認為看似辦了許多活動，但深度不夠、品質不到位，憂心再這樣走下去，「故宮變成文化中心」，也因此有些人認為「不意外」這次內閣改組會換掉故宮院長。可見故宮博物院在台灣的定位確實是個難題，不過，如何行銷故宮可能也是另一個新任故宮院長得注意的議題。
