一位曾經偵辦扁案的特偵組檢察官，在卸任前感嘆，「自己就像三國演義中的蔡瑁，曹操派蔣幹遊說周瑜不成，反而被設計而誤殺了忠誠的蔡瑁與張允」，來比喻他被前總統陳水扁設計。
是東廠錦衣衛與政爭發源地
2013年9月17日立法院開議，民進黨與台聯黨立委擺出「廢除東廠」等標語，並且要求行政院長江宜樺、檢察總長黃世銘，必須為馬王之爭槓上開花的監聽案到立法院專案報告，當天議事遭到杯葛，江宜樺枯坐一整天，傍晚散會時臉色鐵青地離開議場。
從查黑中心到特偵組，它曾經是讓綠營聞風喪膽的東廠，也一度淪為馬政府的錦衣衛。就在21日立法院司法及法制委員會初審「法院組織法刪除第63條之1條文草案」，也就是廢除特偵組的相關修法提案通過，最快2017年1月1日特偵組就要走入歷史。
由特偵組創造出的「扁維拉」，多次在馬政府危急之時銜命救援，不過國民黨此次在特偵組存廢的態度上是大開綠燈，藍委許淑華說，廢除特偵組對民進黨而言很傷，民進黨團必須自己承擔所有後果。
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馬王之爭時已失去公信力
不過，特偵組在馬王政爭時就已失去公信力，這個盲腸單位不割除，難以展現民進黨對於司法改革的決心。法務部指出，未來由各地檢署配套銜接原特偵組案件及業務，應能無縫接軌，全力打擊重大貪瀆等案件；目前全國各地檢署共有200名黑金專組檢察官偵辦重大貪汙、經濟犯罪案件，實質上是多了20個「特偵組」。
與國會有關的政商界人士，應該對特偵組被廢額手稱慶，因為就在黃世銘「吃到飽」浮濫監聽的那幾年，勢必有不少見不得光的事情，都被錄進特偵組的錄音帶，不過當年特偵組以錄到的都是空白為由，否認監聽到立法院0972節費電話實質內容，新政府似也無意追究這些「百官行述」。
特偵組曾經大規模起訴綠營人士，光是陳水扁就掛了11案，其中4案有罪、2案無罪確定，其他則因陳水扁保外醫療照護暫停審理。比較特別的是「國務機要費」，當時特偵組要求「最重量刑」，自一審的無期徒刑、二審改判20年，到更一審再改判無罪；「機密外交案」也是三審無罪定讞，這兩案拖累邱義仁、馬永成、林德訓等人被羈押。
民進黨等不到政治正確
綠營期待改朝換代後，特偵組能夠「政治正確」法辦馬英九，政界也認為被告發超過百件官司的馬英九很難全身而退；但是特偵組在今年總統大選後，陸續簽結與馬英九有嫌疑的三中黨產案、富邦併北富銀案及頂新政治獻金案，讓民進黨不抱任何期待，決定快刀斬亂麻，法務部及檢察體系也相對配合修法。
檢察總長顏大和在國會表示，因為有特偵組，2010年以後的台灣政治變得更清明，令在場的立委、助理、媒體很難相信自己的耳朵。或許，特偵組奮力查辦扁案、偵辦藍營林益世案、法官收賄案等，卻也炮製出前國科會副主委謝清志的冤案，特別是司法淪為政治工具最為人詬病。
特偵組的時代即將過去，發言人郭文東說，「會辦案辦到最後一刻」，但是特偵組早已顯現疲態、無心戀戰，更表現在兆豐洗錢案上的反應慢半拍。無論如何，外界對它的整體評價不佳，扁、馬兩位總統與特偵組愛恨交織，並各自在悲劇與鬧劇中扮演重要角色，是值得讓人反思的政治教科書。
