《公司法》修正案於7月6日三讀通過，多數條文目前預定於明年1月1日生效，不過在修法過程中引起極大爭議的「大同條款」，仍與《證交法》部分條文互相牴觸，對此，金管會31日公告，將配合修改證交法相關規定，公開收購回歸公司法規定，未來將不會再有到底必須先適用哪個法的疑慮，或是到底要聽經濟部還是金管會的爭議。
大同條款入證交法，未來不會再有適用優先順序爭議
根據金管會的公告，此次修正相關規定的重點有三項：第一就是為了配合大同條款，證交法將刪除第43條之5第4項規定，原先規定公開收購人和其關係人於公開收購後，若持股超過50％，仍需請求董事會召集股東臨時會。不過未來把此項刪除並比照公司法，公開收購持股過半並持有達3個月者，就可自行召開股東會，不必再請求董事會召開。
除此之外，原先所謂的公開收購人和其關係人，也將放寬成不需要同一人或同一關係人，不限一定要跟關係人持股合計過半，未來公開收購者可以集結各路盟軍，只要全部加起來持股過半即可，更容易達到自行召開股臨會的門檻。
「以過去的情況，持股低的董監事還能掌控公司，這真得是非常奇怪的一件事，」有金融圈人士表示，以大同公司為例，市場派取得經營權的機會增加，因為公司派不能再以技術性方式阻擋市場派提名董事，獨佔經營權的情況，對於問題多、經營不善、持股又低的公司派形成挑戰。
在證交法配合修法之後，公發公司公開收購過持股過半者，也確定可適用同一準則，會走到以公開收購方式取得過半股票，想要爭奪經營權的目的已經很明顯，若能自行召開股臨會，對公開收購的一方、或市場派「取得經營權」更有利基。
市場派能集結盟軍力量，挑戰持股低的現有經營者
首當其衝的，就是在金管會主委顧立雄鼓勵金控及銀行採公開收購方式啟動併購之下的金融業，雖然就金融業來說，市場派難以在外買到過半股權，但若能集結一定「盟友」的力量，似乎也並非無法撼動現有經營權。
至於此次修法的其他二項還有，新增不得於股東會以臨時動議提出的事項，依修正後的公司法規定，選任或解任董監事、變更公司章程、減資、申請停止公開發行、董事競業許可、盈餘轉增資、公積轉增資、公司解散、合併、分割等事項，應在召集事由中列出，不能以臨時動議提出，這些事項將一併修訂入證交法中。
除此之外，還有放寬少數股東申請主管機關檢查的門檻限制，未來繼續6個月以上、且持有1％以上的股東，在認為特定事件對公司權益有重大損害時，就可以申請檢查，或是以書面申請檢查人提起訴訟，將較於現行規定股東須繼續1年、並持股3％以上的規定寬鬆。
資深會計師、岩信會計師事務所主持會計師吳宏一指出，證交法相對公司法來說屬於「特別法」，尤其公發公司又有上市櫃的公司優先適用證交法，若沒有配套措施將造成未來適用上的混亂，雖然修法勢必造成不小震盪，然而在修法過後確實較符合國際上的趨勢，也回歸市場機制。
