年底大選進入倒數階段，除了各候選人、公投案案主紛紛動員人力進行最後造勢、衝刺活動以外，這次負責九合一選務，還有公投案投票的中選會壓力也不小，甚至問題不斷接踵而來。目前有三個爭議受到外界矚目，分別是「以核養綠」公投案能否趕上年底大選、「死人連署」該告發的對象是誰，以及「選務人力荒」等問題。
「束手無策」擬再修法
不論是面對以核養綠的爭議，還是死人連署問題，對此，中選會主委陳英鈐15日接受內政委員會諮詢時僅不斷表示，「一切依法辦理。」但也坦承，面對公投案出現許多偽造情事與「死人連署」，中選會也束手無策，將研議修法盡快提出解決辦法。
至於，面臨九合一大選又綁高達9項公投案的繁重選務，出現人力荒危機，陳英鈐表示，九合一已經招募九成四，公投因為起步比較晚，招募狀況比較不理想，目前招募五成多，「有信心可以募齊。」
國民黨追問「以核養綠」
有國民黨籍前總統馬英九、前國民黨主席洪秀柱支持的「以核養綠」公投案，12日清點結果出爐，有效份數僅差2326份就能達到門檻，對此領銜人黃士修等支持者隨即憤怒表示抗議與不滿，表示「未簽名或蓋章之不合格份數9492份」不可能這麼多，「送件前我們志工都有一一檢查過，不可能送沒簽名的出去。」黃士修懷疑背後有政治因素介入。
至於，接下來是否會補件，黃士修要求中選會「三天之內查對補件完畢公告結果，10月24前加開審查委員會宣告成案，方始同意並立刻補件。」因為這樣才能與年底大選一併投票。
有關「以核養綠」公投案的爭議，由國民黨立委曾宗銘、江啟臣、吳志揚等人輪番上陣質詢陳英鈐。對此，陳英鈐回應，待16日召開委員會議後決定，如果認為份數不足，會通知補提，戶所查對時間則不確定，第二階段連署查對時間是30天，查對是戶政事務所在查，中選會不能強迫戶政事務所，必須依法行政。
這「兩個」矛盾的公投案
「以核養綠」公投案的支持者擔心，若接下來進行補件，雖然只需要2千多份，但擔心會在戶政查核的程序上拖延到時間，導致最後無法綁年底公投大選，變成明年中獨立出來舉行公投，屆時的投票率勢必較低，一旦沒過，依據《公投法》第32條規定，「主管機關公告公民投票之結果起二年內，不得就同一事項重行提出。」於是，將戰線拉長至2020總統大選是黃士修的計畫，而這可能也將成為國民黨反攻2020總統之位的戰地。
然而，細看這次由國民黨發起的三項「反空汙、反深澳、反核食」公投案，會發現藍營似乎同時支持兩個矛盾的公投案，一邊反對日本核食進口，卻又一邊支持台灣繼續使用核能。
日本福島核災是因為地震海嘯造成，台灣同樣位處地震帶上，無法保證不會發生同樣災害，以環團人士就認為，同時支持這兩項公投案的人難不成認為台灣是天驕之子，福島核災外洩導致土地、食物污染這種事不會發生在台灣。
不過，現在中選會已經判定「以核養綠」公投未達門檻，無形中似乎恰巧化解這兩個相互矛盾的公投案。
面對鳥籠《公投法》鬆綁後，未來只會有越來越多公投案被提出，如何透過「修法」讓這套制度更臻完善，選後恐怕是立法院、中選會該認真面對的問題。
