台鐵普悠瑪列車18死事故發生至今僅短短3天的時間，台鐵高層、宜蘭地方法院等，便已先將矛頭指向尤姓司機個人的業務過失，引起各界一陣撻伐。
目前行政院政務委員吳澤成擔任召集人，集結各界專家、學者共15人成立的「1021鐵路事故行政調查小組委員」仍在進行調查，然而，在沒人知道完整真相前，各種事故原因的猜測已經隨著媒體報導訊息滿天飛。
台鐵、地方法院急著找代罪羔羊？
24日，賴清德和交通部部長吳宏謀搭乘事故後第一班通行的普悠瑪列車，再三保證安全無虞；同一時間台鐵也召開「第6432次新馬車站出軌案總結記者會」，台鐵副局長杜微表示，根據最近檢方資料披露，事故發生時司機員將ATP關閉、經過事故現場時超速行駛，「所以在檢調公佈範圍內，我們看起來，司機有一些人為疏失因素在裡面。」至於有關軌道、車輛設備方面的原因，台鐵已配合提供相關資料、人員進行調查。
軌道、車輛設備方面的調查都還在進行，台鐵卻在記者會上特別挑出司機的過失試圖來解釋，讓外界質疑是不是又想找一個替死鬼，因此引來外界一陣撻伐。
事實上，23日，宜蘭地方法院已經默默先以新聞稿的形式做了初步判定，指出司機手動關閉列車自動防護系統ATP並未注意車速，才導致意外發生，「亦明知依規定關閉 ATP 須於下一停靠站再行打開，惟其因一直與調度員通話而未再將 ATP 打開確有業務過失。」由於調查小組的專業報告還未出來，政府包括台鐵、地院全都將矛頭指向司機，動機啟人疑竇。
面對上述質疑，賴清德受訪時表示，「司機可以做他的主張，台鐵也做他們的說明，如果是法律責任，要由檢察官調查；如果是行政責任，可能就要由行政調查小組來做調查，一定是相當完整的跟社會大眾做報告，不會在這個階段，誰先說什麼話，誰就做準，一定根據所有的證據，來做最後的決定。」
台鐵三個嚴重問題
「我對於你們到今天為止，把所有的責任推給那個駕駛員，說他關了那個東西（指ATP）沒有回報，然後說他超速，所有的責任都要扛，這樣子的態度，我完全沒有辦法接受。」時代力量立委黃國昌在立院質詢時痛批台鐵高層的做法，並在短短5分鐘的質詢裡點出台鐵三個嚴重問題。
一、動力異常卻持續行駛
首先，事實上，早在意外發生前，司機就持續回報異常，不懂為何台鐵還是決定讓列車繼續行駛？對此，台鐵副局長杜微表示，「因為他回報這些狀況，列車還是能繼續行駛的。」動力雖然有異常，但不會影響到安全，被黃國昌質疑「罔顧旅客安全」。
另外，台鐵局長鹿潔身曾指出「司機關閉ATP沒有通報！」「行控中心也看不出來！」。
二、普悠瑪沒裝ATP遠端監視系統
然而，黃國昌質疑，早在2007年大里邊撞事故後，為了防止駕駛自行關掉ATP，台鐵在2010年告訴國人：已經斥資數千萬，讓所有列車加裝遠端監視系統，「ATP一旦關閉，無線電會發出訊號給行控中心，行控中心會立即掌握！」事後台鐵也證實——從太魯閣以下的所有車型，都有加裝ATP遠端監視裝置，唯獨普悠瑪沒有。
三、官僚殺人
最後，黃國昌質疑台鐵根本未採購主風泵的測試機台，「到底保養是要怎麼做？」台鐵坦承現在才要採購測試機台，「雖然還在採購中，但這測試是機台公司會幫忙執行。」
不只輿論質疑政府、台鐵的處理方法只追究司機個人過失，為檢討結構性問題，這次事故普悠瑪列車上的乘客、台鐵員工也都出來批評指控「官僚殺人」。
一位台鐵員工黃德輝於《蘋果日報》上投書表示，「車輛故障是出事主因，超速只是次要原因，司機員的過失責任並不大，調度員以上層級的官僚在明知車輛故障，仍指示司機員開到花連再換車才是出軌翻車的主因，這是典型的官僚殺人事件。」
台鐵普悠瑪列車18死事故後續政府的處理方式已經引起社會各界的質疑，加上發生在年底縣市首長選舉前的敏感時間，各地候選人皆為這件事停止相關競選活動與行程，一切就靜待中央政府的處理，倘若處理不慎，恐怕影響的不只是政府的公信力而已。
