在22個縣市長選舉中，民進黨在2014年曾經拿下13席，創下高峰，但短短四年，只剩下6席；國民黨從原本僅有6席，增加到15席。
民進黨大敗已成定局，蔡英文宣布辭去黨主席，陳菊辭去總統府秘書長，賴清德辭行政院長卻遭蔡英文慰留，現在陳菊也接受慰留繼續擔任總統府秘書長。
蔡英文辭去黨主席將使得「黨政合一」破局，黨與政猶如馬車的兩個輪子，掉了一個，剩一個輪子，車子如何運轉？這是蔡英文可能跛腳的地方。
輪子少一個，蔡提前跛腳
其次，國民黨會採取「地方包圍中央」的方式，讓蔡英文的中央政府處於孤立，他們會結合起來對抗中央，與中央唱反調，如此是否出現「令不出總統府」、「令不出行政院」的窘相？
特別是中共會利用國民黨15個接受「九二共識」的地方政府，給予大量的陸客，採購這些縣市生產的農產品，達成韓國瑜「貨出去，人進來」的政見。如此民進黨執政的縣市將面臨極大的壓力，台南市的計程車司機可能會跑到高雄市去搶客人；甚至民進黨籍的縣市首長會要求蔡英文與民進黨考慮承認九二共識，或是不否認有九二共識，這是蔡英文要面臨挑戰的地方。
藍營縣市會接受九二共識挑戰中央
另一方面，如果國民黨這次地方選舉大勝，就有機會在2020年當選總統，如此政府中的公務人員就會觀望，期待藍天再現，甚至對蔡政府進行制肘，其中特別是軍、警與情治單位的人員。
而蔡英文上台後所推動的政策是否要繼續下去？例如民進黨所推動的「轉型正義」與清查國民黨的不當黨產，這些工作是否還要繼續推行？因為民進黨在這次選舉中慘敗，國民黨可以說是因為民進黨的「轉型正義」工作無法獲得多數民眾支持所致，如此將降低民進黨推動「轉型正義」的正當性，如此就會畏畏縮縮而裹足不前。
軍公教期望藍天再現改革將裹足不前
而在這次投票中，10個公投案中的「以核養綠」已經獲得通過，禁止日本「核食」進口也通過。雖然這些公投結果對蔡英文政府沒有拘束力，但是這種民意的展現蔡政府能夠充耳不聞？
「非核家園」是民進黨的神主牌，但是「推行公投」與「尊重民意」也是民進黨的神主牌，現在這兩個神主牌出現矛盾，到底民進黨要選擇哪一個？
尤其禁止日本「核食」進口的公投也通過，未來蔡英文政府是否要遵守？但是如此台日關係勢必受到阻礙，當中日關係迅速回溫，中國也可能開放日本「核食」進口，屆時全世界只剩下台灣禁止日本的「核食」進口，蔡政府要如何應付日本與公投結果的雙重壓力，是一個重大的挑戰。
