民進黨在地方選戰大敗後，行政院長賴清德、總統府秘書長陳菊都在第一時間喊辭，但礙於時間點卡在立法院正在審查中央政府總預算，為了政局穩定著想而接受慰留，不過，不僅有消息傳出，賴清德及陳菊辭意相當堅定，就連同屬新系的立法院副院長蔡其昌以及立委段宜康都證實，賴清德和陳菊內心仍想辭職，會在適當時間點再度表達辭意。
內閣失血3部會首長，明年1月還會有大動盪
選後掀起內閣改組點名潮，最先遭點名的交通部長吳宏謀、環保署長李應元及農委會主委林聰賢都已獲准辭，但賴清德一口氣撤換3位部會首長，似乎並沒有因此替內閣改組設下停損點，朝野立委難得立場一致認為，改組幅度過小，預料應有第2波人事異動，亦或是內閣總辭、全面改組。
國民黨2014年在地方選戰大敗後不久，時任行政院長江宜樺旋即率內閣總辭，換毛治國內閣上陣。民進黨在今年九合一選舉大敗，是否比照辦理？對於首波改組名單，國民黨團再點名經濟部長沈榮津、教育部長葉俊榮、衛福部長陳時中、中選會副主委陳朝建、黨產會正副主委、NCC正副主委及國安團隊等都有改組的必要，會先視接下來改組幅度，思考提倒閣的可能性。
事實上，行政院方面並未否認2次內閣改組的可能，發言人Kolas Yotaka指出，若內閣還有需要調整、有新的人事異動，會盡速對外公布。很顯然地，內閣改組幅度不會僅區區3個部會而已，甚至早有消息透露，接下來改組時間點會落在農曆年前後，約莫明年1月左右進行，且屆時很可能不單只是內閣調整，而是整個府、院、黨人事重新布局。
府院黨大改組態勢已定
即便賴清德在週末召開的檢討會議中，僅要求各部會檢討政策內容，並未針對接下來的內閣改組問題多談，但外界已開始盛傳，部分縣市首長落選人很可能獲延攬入閣。然而，蔡英文自敗選後就不只一次提及未來人事須重新布局，言下之意包括整體執政團隊。
目前民進黨黨中央在蔡英文請辭黨主席後，選出基隆市長林右昌任代理黨主席，負責接下來黨主席改選事務，至於政策檢討部分會涉及府院及立法院黨團，因此先進行內閣小幅度改組，算是回應人民及朝野黨團對民進黨政府檢討的呼聲，也就是說，接下來的調整勢必會更全面。
國民黨團對於內閣「擠牙膏」式改組不甚滿意，點名最該下台的其實是賴清德，面對內閣總辭聲音襲來，對賴清德而言或許是早已做好準備，而和賴清德同樣獲蔡英文慰留的陳菊心裡也已經有譜。
賴清德、陳菊適當時機將再次提辭
和賴清德、陳菊有私交的蔡其昌接連幾次受訪都坦言，賴清德和陳菊是因為蔡英文極力挽留才同意留下，但這僅是短時間，畢竟2人都愛惜羽毛、不戀棧，也都想為敗選負起政治責任，因此等過渡期結束以後，會再挑適當時機向蔡英文提辭。段宜康更直指，內閣勢必會改組，賴清德把總預算與前瞻預算處理完就會離開。
而最適當的時間點就在立法院本會期總預算案通過後，大約落在明年1月份，據媒體報導，黨內知情人士透露，辭意堅定的賴清德和陳菊屆時將再次請辭，同時那也會是府院黨大改組的時間點，陳菊請辭後將回高雄努力，至於賴清德則會「沉澱一下」。
由此可見，蔡英文到時若還想再次慰留賴清德與陳菊留在執政團隊努力，恐怕有些難度。另一方面來看，賴清德如果為敗選擔起責任，辭去閣揆職務，不排除2020有搶攻總統選戰的機會，只是，無論是直搗總統大位，或是搭配蔡英文參選，距離2020選舉都還有段時間，賴清德就算卸下職務、保留參戰籌碼，接下來要如何維持政治人物保鮮期到總統大選，成了一項難題。
