打從東廠爭議爆發後，國民黨團對促轉會的反彈力道逐漸加大，先前國民黨立法院黨團就曾放話，將提案刪除促轉會預算，如今更是祭出實際行動，除了已經提案廢《促轉條例》，且將在21日立法院會上審議外，更預計發動公投來決定促轉會的存廢，讓促轉會面臨的難關愈來愈多。
藍營多管齊下：卡促轉會預算、發動公投、提案廢《促轉條例》
促轉會17日端出成立半年來的工作進度報告，並拋出國幣改版、去除威權象徵，包括移除蔣公銅像以及三軍儀隊撤出中正紀念堂等3項去蔣化議題。國民黨團對此強烈不滿，除了再次強調，要將促轉會明年度預算全刪光以外，國民黨立委費鴻泰更預計在2020年提出公投案，廢除促轉會。
過去國民黨團就曾因前促轉會副主委張天欽風波，率眾到促轉會抗議，表態提案刪除促轉會預算、廢《促轉條例》以及透過修法來廢止促轉會等。而在日前立法院司法及法制委員會審查促轉會預算時，國民黨團確實就強力杯葛，致使預算審查無法進行。
接著國民黨立委賴士葆等24名立委更在21日立法院會增列廢止《促轉條例》議案。從杯葛促轉會預算審查、擬發動公投廢促轉會到提案廢《促轉條例》，種種舉動都可見國民黨團阻擋的決心。
對此，民進黨團及時代力量黨團都表態反對，民進黨立法院黨團總召柯建銘認為，尊重提案但不會配合，國民黨就是權威時代中長期的加害者，現在卻持續抹黑促轉會，猶如司馬昭之心，顯然老舊國民黨式思考還在存在於藍營內。
時代力量立法院黨團總召徐永明則表示，如果促轉會組織結構有問題，時代力量不反對修法，敬告國民黨應朝修法方向走，大家各提版本。
促轉會拋3轉型正義提議，政府部門都不贊同？
國民黨團內部對於廢除或修改《促轉條例》其實也有不同意見，有立委支持直接廢除《促轉條例》，但也有部分中生代立委支持透過修法，納入吹哨者監督機制，因此後續將會有個別提案出現的可能。
事實上，在今年底大選綁公投之際，國民黨孫文學校校長張亞中就曾提出廢止《促轉條例》提案，但最後因公投主文提及：「您是否同意，基於和諧是維持社會團結的應有價值， 《促進轉型正義條例》應予廢止」，被中選會認為有誘導性須補正，但孫文學校拒絕，因此公投提案遭駁回。即便如此，費鴻泰仍預計再次透過公投，在2020大選用直接民意，讓人民決定促轉會存廢。
不過，除了國民黨團強力卡關促轉會，針對促轉會所提出的3項轉型正義提議，其實相關政府部門都已經作出回應。其中，促轉會行文中央銀行了解國幣改版成本，央行表示，現階段並無任何鈔券或硬幣改版計畫。
國防部方面則針對拆除蔣公銅像議題表示，蔣公在國軍建軍及中華民國生存發展史上有不可抹滅的功績與歷史定位，國防部基於尊重歷史，將維持營區現狀；至於三軍儀隊是否撤出中正紀念堂，則要看主管機關文化部地景文物整體規劃定案，國防部才能評估辦理後續事宜。
蔡英文不對去蔣化議題表態
促轉會所提的建議似乎都被相關主管部門給了軟釘子碰，而在當社會當前針對去蔣化議題又掀起一波議論之際，總統蔡英文18日迴廊談話不免也被問及此事。對於促轉會所提主張，蔡英文未多作表態，「這不是總統、促轉會說了算的事。」
蔡英文僅強調，促轉會成立的目的是要釐清真相，促進人民對歷史事件交換意見並有和解的過程，期許促轉會多作調查研究，搭建平台給社會大眾針對歷史進行討論，而文化部對於中正紀念堂轉型所進行的公民審議程序就是個很好的例子。
促轉會自成立以來半年的時間內，爭議始終不斷，但除了爆發東廠事件外，也確實經歷了2波白色恐怖有罪判決撤銷公告，前後已有2775名政治受害者的司法判決獲撤銷，只是當前面臨重重難關，再加上所提主張都未獲相關單位認可，顯然後續在推動轉型正義工作上，還有許多努力得做。
