國安局私菸案風暴持續延燒，24日總統府宣布由行政院退輔會主委邱國正接任國安局局長，並要求邱國正全面檢討現有的各項制度，整頓人員管理。
今（25）日邱國正最後一次以退輔會主委身分出席行政院院會，預計明天正式就任國安局長。
邱國正表示，昨天有先聽取國安局同仁意見，發現很多工作指揮鏈是沒有問題，不是沒有人管，而是督檢有精進空間，目前會先釐清到底哪些事情是不該做，但釐清後不會違背檢調調查，也不是要秋後算帳，因為重點是釐清案情真相。
此外，在未來，因為國安局長期運作有特殊文化，但不能因為長期認定文化而違法，邱國正說，會用各種機會跟同仁溝通，也不希望同仁因為他一句話就改變，希望外界給國安局鼓勵，因為大部分的人都很敬業。
總統下令要國安局一周內交出完整報告
邱國正曾任國防部參謀總長，是國軍留美將領之一，擔任過國防部作戰及計畫參謀次長室次長、陸軍第六軍團指揮官、後備司令部司令、國防大學校長、國防部軍備副部長等職務。此外，邱國正曾入選美國陸軍戰爭學院名人堂，創下中華民國軍官獲選入美國戰爭學院名人堂的首例。
邱國正以治軍嚴謹著稱，因為注重士兵的「頭皮」與營區內的「草皮」有「兩皮將軍」的稱號，今天依舊不改本色，強調不管做任何工作一定有基本功，他強調，不管做甚麼職位都要維持，沒有基本功的話會做不好，草皮、頭皮都是基本的，軍人要整束儀容，注意整潔，疏忽掉這些而說要去蓋大樓是沒有意義的。
他說，會跟同仁溝通清楚，並到各單位強調做幹部的就要照顧同仁，最後並強調沒有不聽話的同仁，但有很多不講話的幹部。
隨後，總統蔡英文也召開記者會表示，此事件凸顯國家體制跟管理機制鬆散，已下令所有單位配合司法機關徹底清查，並進行內部檢討、人事調整，也已要求邱國正在一周內提出完整報告。
黃國昌：必要的證據沒有查扣
然而，國安局私菸案爆發至今進入第4天，卻仍然有許多疑點尚未釐清，進駐華航調查的交通部次長王國材已下令，華航應於今天下午5點以前對外詳細說明整個走私菸的經過，立委黃國昌則再度痛批，「偵查不公開不是違法濫權的遮羞布」。
黃國昌表示，自己沒有調查權只能盡自己所能公開呼籲，行政調查與司法檢調都有各自該做的，但到目前為止，很多重要證物，還沒有採取必要的證據保存措施，不只失望也相當擔心。
黃國昌指出，昨日自己親自去台北關務署清點了所有扣留的貨品，只看到國安局少校吳宗憲違法走私帶進來的9800條香菸，其他華航內部員工違法「訂購商品」卻沒有看到，這些違法帶進來的商品，他推斷應該還在貨車上，請台北地檢署、調查局告訴大家這5部做為犯罪工具的貨車在哪裡，如果沒有扣貨車的話，車上的東西應該已經被搬走。
黃國昌批，華航如果有徹查到底的基本誠意，先把違法的東西交出來，不要以為沒有被查扣到就可以蒙混過關，更不是輕輕地提出一個懲處名單就想斷尾求生，他支持交通部政務次長王國材無法接受這樣的結果，交出完整的名單與調查報告是最基本的。
