蔡英文總統為私菸案道歉卻還不能善了，在野黨抓住機會繼續上綱，檢調如火如荼調查，但外界疑慮不止，有民調顯示，不滿意蔡政府處理私菸案的民眾超過5成，有2成多表示會因為私菸案而改變原本支持蔡英文的立場。
專案小組，訪談張捷、林國欽、陳逸夫等將官
為了釐清案情、查察違法，在蔡英文指示下，總統府會同國安會、國安局各由政風單位於23日組成專案小組，就該案涉違法違紀等情事，包括免稅菸品購買、載運、人員涉入以及相關違法違紀情形沿革等，進行全面調查，雙方再就相關資料進行比對、彙整，府方於今日召開記者會，公布最新調查進度，緊急救火及期盼止血的意味濃厚。
根據總統府公布的調查報告指出，7月22日總統出訪專機抵達桃園國際機場後，檢調單位於機場C3鐵門外攔查載運侍衛室勤員統一託運之大型行李、勤務裝備及訂購免稅商品等貨車5輛，其中車號550-BK、9792-QL兩部向總統府三局交通科調借車輛，於確認無違禁品後放行。其餘3部特勤中心車輛因裝載違法9800條免稅菸品，連同侍衛官吳宗憲等10人即被帶往新北市調查處實施調查。
府方表示，總統府府政風處於23日正式成立專案小組，並由法規會協同調查。專案小組先後訪談總統府前侍衛長張捷中將、侍衛室少將主任林國欽、陳逸夫等人，並以起獲的「華航香菸訂購統計表」就相關人員涉案情況進行全面清查瞭解。
先付款，再由吳宗憲以信用卡刷卡訂購
關於免稅菸品模式、付款與取貨方式、車輛調度始末以及違法樣態，初步調查結果，就免稅菸品洽訂運作模式，府方表示，主要為歷次元首出訪前，負責專案任務之相關航空公司決標後，航空公司人員會提供航班免稅商品型錄予承辦人（侍衛室內衛組後勤小組行政參謀），承辦人再將型錄資料提供各組同仁自行填寫訂購，於指定時間交回，而相關菸品訂購並無數量限制。
之後，總統府侍衛室於6月5日接獲外交部專案出訪任務，6月20日華航公司行政聯繫窗口聯繫侍衛官吳宗憲，並寄送商品目錄及訂購清單。 吳宗憲接獲相關訂購清單後，隨循例將免稅商菸品目錄及訂購單，分交各單位值日人員。
其次，付款及取貨方式經過調查，府方指出，往例菸品的付款方式如屬小額，多以現金方式交付承辦人；如金額較大，則會以轉帳或臨櫃匯款方式存入承辦人戶頭。取貨部分，則是在元首出訪行程結束後，由承辦人依洽訂名冊分別交付予訂 購之單位或個人。
這次的情況，是由各單位或個人依需要品項、數量向吳宗憲訂購，並將款項以現金或匯款方式繳交予吳宗憲或其銀行戶頭；吳員再將訂購總量清單傳真華航行政聯繫窗口，並依訂購金額以玉山銀行信用卡刷卡方式付款予華航聯繫窗口。
總統府交通科同意出借貨車，查驗後無違法商品
再者，就是勤務車輛調度情形，府方指出，一般特勤勤務車隊的編組、調度與派遣，皆由侍衛室依據當天整體維安勤務的需要，製作勤務分配表統一分配調度。本案經調查，22日出訪專機返國前，是由侍衛室參謀製作勤務分配表，安排當天所有勤務人力及車輛派遣，其中除總統車隊及其他人員接送外，並依例派遣貨車5輛載運勤務人員大型行李、攜行裝備。
若特勤勤務有必要時，會向其他單位調借車輛，並由侍衛室專責駕駛勤務人員駕駛。府方經調查後表示，此次勤務車號550-BK與車號9792-QL貨車兩部為向總統府交通科調借車輛。調借情形是：
7月11日出訪前，侍衛室行政參謀吳宗憲致電總統府三局交通科表示，為總統出訪返國運送行李需要，將調借府方貨車支援。7月16日，侍衛室駕駛人員前來總統府交通科確認借用車輛情形，交通科同意借用貨車兩部，其後侍衛室駕駛於19日下午取車，22日下午還車。22日當日2部向總統府交通科調借公務車，分別是貨車車號550-BK，與貨車車號9792-QL兩部，負責裝載勤員行李、勤務裝備以及個人物品。當日相關車輛遭檢調攔查後，兩部府方車輛，在查驗後因均無違法物品，隨後遣回。
有關違法情事調查，府方表示，相關免稅菸品訂購之運作模式行之有年。在行政調查的訪談中，多位曾於各前任總統時期任職勤務人員表示，過去即曾聽聞此一洽購免稅菸品的運作，或曾參與購買，購買數量亦超過法定免稅額度。
有8組以綽號當購買人，共1262條待查
根據府方清查涉及人員情形，各單位當事人自清部分，目前確認共79人、購買菸品8074條，再從起獲「華航香菸訂購統計表」與自清部分交叉比對，有收押與離退人員3人、450條，及尚無法查明身份之綽號8組、1262條。綽號部分，因該案承辦人吳宗憲已在押，政風行政調查無法向他詢問，只能待司法單位調查釐清。
這些涉及人員的清單，府方表示將交由檢方進行調查；其中部分人員購買數量顯逾常理，相關違法情事，請檢調積極偵辦。 總統府及國安會也就相關人員是否涉入本案免稅菸品訂購進行清查，初步確認本府及國安會並無政務人員、機要人員參與上述免稅菸品購買。
總統府表示，後續作為為釐清本案真相，明確責任、查察不法，專案小組將持續約談相關人 員，並釐清過去歷屆的違法購菸情況。同時，專案小組也將繼續配合檢方偵辦，各項本案調查資訊將完整提供檢方。相關涉案人員，除依所涉情節進行懲處外，考量元首維安，將由特勤中心視整體維安任務需要，進行必要的職務調整。
