儘管香港警方發出反對通知，但是九龍地區20日仍舉行「公民抗命」35萬人大遊行，一些抗議民眾大罵警員，警方在彌敦道對示威者狂射催淚彈。
沒想到，20日下午警方的水砲車竟無緣無故對九龍清真寺及寺外民眾發射「藍色水炮」，將清真寺正門、鐵門、樓梯間，染成藍色，引起民陣和融樂會同聲譴責「港警汙辱宗教場所和侵擾宗教自由」，觸動宗教信徒的敏感神經，由於擔心穆斯林群起抗議，香港警方高層特地在當天晚上就登門道歉。
水砲車事件挑動敏感神經
香港穆斯林委員會周一在社交網站轉發警方的貼文，接納警方誤中的說法，並感謝港人清理，但表明對警方做法感失望，指出這個事件牽動情緒及不滿 ；該委員會形容，香港穆斯林社群享有信仰自由，有賴港府、執法人員及港人的尊重與接納，委員會希望勿讓今次的意外破壞一直以來的良好關係。
香港穆斯林委員會並呼籲穆斯林要追求平靜多於復仇、智慧大於情感、統一大於分裂，並向真主阿拉禱告，盼望祂能把緊張的局勢緩和下來，引領大家作出對社會來說最好的決定。
香港融樂會周日則是譴責警方在沒有合理情況下以藍色水劑染污清真寺設施，認為是「侮辱宗教場所及侵擾宗教自由之舉」，對此感到極之憤慨，要求警方清晰交代，並立即向受害者及清真寺道歉。
融樂會表示，警方周日下午在九龍清真寺附近，以水炮車噴射藍色水劑驅散示威者，融樂會總幹事張鳳美及多名市民被射中，其中張鳳美被藍色水劑射中後，無法張開眼睛、皮膚感到強烈灼痛，與其他感不適人士送往醫院。
民陣譴責港警污辱宗教場所
融樂會表示，根據傳媒片段所見，當時九龍清真寺一帶已無示威者聚集，只有10數名市民駐足清真寺外，全程未有挑釁、或攻擊任何警方人員，亦未見警方聲明中所指的暴徒。根據官網介紹，非營利的慈善組織－融樂會的工作主要服務香港少數族裔永久居民及其家人。
香港民陣周日晚間也發表聲明，強烈譴責港警汙辱宗教場所及破壞社會和諧的行徑。民陣表示，宗教多元與和諧是文明社會和自由社會的基礎，對香港警察缺乏常識和宗教敏感度感到遺憾，嚴正要求警務處處長向九龍清真寺、各宗教群體以及香港社會道歉。
大批香港市民也自發清潔清真寺，展現香港人不受挑撥、分化的團結。《立場新聞》報導，香港伊斯蘭青年協會對於清真寺「染藍」感到「十分難過」，又感謝幫忙清理藍色髒污的香港市民。
融樂會：事發當時清真寺外只有少數族裔人士
印度協會前主席 Mohan Chugani、一名融樂會香港成員、多名市民及香港立法會議員譚文豪當時在清真寺外被水炮車射中，需往醫院驗傷。
Mohan Chugani直斥香港警察和香港政府「離譜」，認為警方「有心染藍」清真寺，他不接受警方未就水炮車射清真寺而道歉，認為他們有意這樣做，當天是清真寺閉門日，現場當時明明無示威者在場，73歲的他氣憤說，「原來我相信警方，現在我一點都不相信他們了。」
《香港01》報導，事發時在場的融樂會總幹事張鳳美21日受訪時強調，當時清真寺外只有少數族裔人士以及想保護清真寺不受破壞的市民，在場人士均無戴上口罩或其他裝備，不是示威者，更非警方聲明中提及的「暴徒」。她不接受警方「誤中」的說法，促請警方公開向清真寺及被藍色水射中的市民公開道歉。
香港警方高層前往九龍清真寺道歉
由於清真寺「染藍」後，穆斯林團體憤恨不平，香港警方周日晚上趕緊發表聲明，解釋顏色水「誤中」清真寺正門，還立即聯絡清真寺首席教長及穆斯林社區領袖「解釋事件及表達關注」。
警察公共關係科高級警司余鎧均、油尖旺警區指揮官何潤勝等高層晚上一同前往清真寺，登門道歉，並與清真寺人員閉門會面。另有多名警員拿着塑膠水桶及毛巾前往協助清理。
