蘇花改通車在即，卻在此時有媒體報導，公布了一份報告顯示，10年前的蘇花改環評生態調查疑似「失真」，民間生態顧問公司所記錄的生態族群數量，和農委會特生中心進駐後的調查結果有很大的落差。
2010年到2012年生態物種數量種類都暴增？
蘇花改預計在2020年1月6日通車，近來卻有媒體報導，2010年蘇花改進行環評時，當時曾經委託民間生態顧問公司進行為期一年的蘇花改生態族群數量記錄，當時記錄到7種蝙蝠，和「數量不多」的長鬃山羊。
而在2010年蘇花改有條件通過環評，並開始動工後，農委會特生中心2012年進駐調查，得到的結果卻是有17種蝙蝠，甚至截至2016年更是高達22種，沿線有「上千隻」長鬃山羊，難道2010年到2012年，短短兩年間蘇花改沿線的生態族群數量暴增？顯然特生中心調查的結果疑似「失真」。
針對此質疑，農委會特生中心主秘鄭錫奇表示，特生中心本就是監測、研究，以及調查台灣的各種生物的分布、族群數量、生態史、棲地環境、復育方法及生態教育等調查研究工作的專責單位，和民間生態顧問公司所做的結果會有落差，可能的原因包括時間、人力與資源和專業程度上的差距。
環團：未來生態調查應改由環保署來發包執行
針對農委會特生中心調查蘇花改沿線生態，與民間顧問公司所做之環評報告結果有差距一事，有生態人士表示，開發單位委託「工程」顧問公司進行生態調查，這是第一層，但工程顧問公司往往不一定有專業的環保人士，這時候就會發包到第二層的「生態」顧問公司。
而大部分生態顧問公司對於生態調查較為專業，且會如實記錄觀察結果，不過觀察結果回到第一層級的工程顧問公司之後，完整資料會怎麼樣「呈現」就不是生態顧問公司所能掌控，被認為「不必要」給環評委員過目的生態資料，就可能會被隱蔽或排除，加上人力、專業參差不齊，都是讓環評生態調查結果失真的因素，也因為如此，環團建議未來生態調查應改由環保署來發包執行。
環保署：未來擬修環評法，但尚無時間表
蘇花改的環評生態調查失真質疑，環團所提出的建議，環保署做出回覆，強調目前環保署已透過技術評鑑將相關的環境顧問公司分不同等級，目的是為了建立客觀且具鑑別度的制度，未來環保署也將考慮提出環評修法，已在蒐集資料研擬，雖尚無時間表，但仍希望能強化環境顧問公司的責任。
針對環團提出之建議，希望未來都能由中央環保署統一發包生態調查，環保署表示，目前所有正在環評程序中的案子，已經都要求第一順位必須使用政府長期調查資料，如此可避免公正性受質疑，若是政府尚缺乏或無法提供之資料，才會讓顧問公司自行調查。
環保署表示，無法所有環評調查都由環保署發包最大的原因是，每一份資料都要親自發包出去，最終只會得到短期資料，資料內容恐多是片段、不連續的，沒有代表性，但是若要建構長期資料庫，卻不是簡單的事，需要額外花費時間、人力和龐大的經費，所以目前暫時無法實行，僅能列入考慮。
