109年元旦總統府升旗典禮以「2020攜手同心 台灣前進」為活動精神，而一早總統府前就聚集了上萬人，這次國歌的領唱人員特別邀請了檢疫局的防疫英雄以及世界棒球冠軍的少棒代表，升旗前由三軍儀隊帶來氣勢磅礡的操演，以及代表台灣文化的三太子壓軸炒熱氣氛。
總統蔡英文、副總統陳建仁與秘書長陳菊也與台北市長柯文哲同台，由於柯文哲多次砲轟陳菊在高雄市長任內債留高雄，元旦升旗典禮與陳菊同台時，引發媒體關注，只是兩人一前一後，在台上並無互動。
不滿通過《反滲透法》，朱立倫率藍營立委出席元旦
前新北市長朱立倫也在今天清晨到總統府前參加元旦升旗典禮，他在受訪時表示自己是以市民、國民的身分前來跟大家一起升旗。對於31日三讀通過的「反滲透法」，他則批評「立法過程開了民主惡例」，呼籲民進黨不要濫用此法律。包括立委候選人林奕華、蔣萬安也與朱立倫一同參加升旗典禮。
針對31日三讀通過的「反滲透法」，朱立倫批評「立法過程開了民主惡例」，強調民進黨已經達成把「反滲透法」當成選戰工具的目的，未來不應濫用、惡用及誤用這個法律，此外他與媒體聊天時也感嘆，感覺今年現場的國旗特別少。
典禮開始前，國民黨立委參選人汪志冰陪同前新北市長朱立倫進場時，因穿著韓國瑜陣營的「H夾克」，遭扶輪社工作人員攔下，表示不得穿著選舉服裝入場，汪志冰因此與工作人員發生口角，汪志冰將外套改為反穿後才被放行。
而典禮場內，有抗議民眾仍邊走邊喊「蔡英文下台」，並比出韓國瑜的競選號次「2」的手勢；旁邊則有民眾比出蔡總統號次「3」手勢，並喊出蔡總統競選口號「2020台灣要贏」較勁，所幸雙方並未發生衝突。
