要開始免疫系統之旅，我們不妨把自己設想成病原體，從它們的角度來感受一下免疫系統。當然，這個思路免不了要打一點折扣，因為即便我們努力想像病原體是如何感受環境的（這一點也不盡然，因為我們的日常生活與腸道寄生菌的生活差別太大了），一個微生物在進入人體的時候會遇到無數看似不相關的威脅，都可能要了它的小命。
所以在行進的過程中，我會不時停下來，解釋發生了什麼。我也會提到，不同類型的病原體會引起不同的免疫反應。好了，我們開始吧。
細菌從這些管道進入人體
現在，有一個細菌，它剛剛遇到了人類宿主—讓我們跟緊它。大多數細菌根本不在乎人類；它們不會來煩我們，甚至不理會我們。不過，少數細菌卻極為擅長在人類組織中生存繁衍，它們甘願為了它們選擇的生活方式而承擔隨之而來的風險。對那些僥倖攻克了人體防線的細菌而言，人體為它提供了極為優渥的資源—幾乎無窮無盡的食物，和溫暖、穩定的環境，細菌需要的一切這裡都有。
細菌可以從任何地方進入人體，但是很可能第一個接觸點是皮膚—嚴格說來，皮膚也是免疫系統的一部分，因為它為人體提供了一道由多層細胞組成的可靠的物理屏障，而且大多數時候都能有效抵擋病原體入侵。許多細菌只能走到這裡，然後要麼放棄就此死去，要麼在皮膚上安營紮寨，靠著我們分泌的油脂和它能找到的一切營養生存。
有時候，它們會讓皮膚起疹子或者導致皮膚感染，但是正常情況下，它們跟無數生活在我們皮膚上的細菌擠在一起，不會給我們添什麼亂子。不過，一旦皮膚出了問題—傷口、微小的切口、擦傷、蚊蟲叮咬、燒傷，都會成為病原體溜進身體的入口。
另外一種常見的進入方式是通過口腔。一些入侵者會直達肺部和呼吸道的其他部位；另外一些則會到腸道裡去碰碰運氣，要知道，腸道裡本來就有無數熙熙攘攘的細菌，它們被稱為人體的「菌群」或「共生細菌」；還有一些會試圖沿著人體消化系統的黏膜上皮細胞進入人體內部。
還有一些細菌會瞄準人體的下半身，有些會試圖通過泌尿生殖道進入，這真可謂是「富貴險中求」，但是它的優勢是便於在人與人之間傳播。對某些離開人體就無法存活的病原體來說，這很重要（一個著名的例子是愛滋病毒〔HIV〕），因為它們必須等到現在的宿主與另外一個人有身體接觸的時候，才有機會傳播到下一個宿主。
當一個病原體很不容易
當一個病原體可真是不容易，它們的生存機會非常低。只有屈指可數的幾個能夠抵達目的地，絕大多數都死於入侵的途中：還沒來得及跟人體接觸，就死在了地上、牆上、海水裡，或者某人的手帕上；死於外界環境中不適宜它們存活的溫度，或者皮膚上危險的化學物質，或者胃裡的胃酸和腸道裡的消化酶（酵素）；死於其他已經寄居在人體內的細菌（因為要競爭食物，有時也被直接攻擊），它們對這些新來者可沒什麼尊重可言。腸道菌群甚至會向人體揭發病原體，並向腸道表面的細胞發出化學信號，使它們收縮，讓病原體難以進入。
那些活下來的細菌仍然可能會被腸道裡的菌群擠走，被尿液（如果它們試圖走這條路徑的話）或淚液、唾液沖走，或者被纖毛（肺部和呼吸道內皮細胞上類似毛髮的細微構造）趕走。
只有那些經過了重重考驗依然活著的病原體才有可能進入人體，它們有理由感到自豪，並向依然健在的同伴們，發表一番類似莎士比亞劇作中亨利五世向他的軍隊發表的「我們，我們這批佼佼者」的勝利演說。但是微生物才不幹這些事情。不過，就像亨利五世的軍隊，這些病原體的麻煩才剛剛開始。
發炎是巨噬細胞正在對抗細菌
現在，細菌穿越了上皮細胞的物理屏障，它馬上會遇到憤怒的先天性免疫系統，這包括許多種細胞和分子，在自然選擇的作用之下，它們演化出了許多辦法來消滅入侵者。從病原體的角度看，這簡直就是刀山火海：酶和小的抗微生物胜肽分子會蠶食細菌的外膜；另一類蛋白質（我們叫作「補體系統」）會黏附在細菌表面，並在此集合，形成「膜攻擊複合物」，在細菌表面穿孔。如果這些細菌僥倖逃過了它們的攻擊，還有一些專門辨識細菌的蛋白質會黏附在細菌表面，把它標記出來，供好幾種獵食細菌的細胞（我們稱之為「吞噬細胞」）食用—它們會把細菌整個吞下去，再用內部強大的化學武器來分解它。
有一種吞噬細胞叫作「巨噬細胞」，它不僅能吃掉細菌，也會分泌訊號分子，促進「發炎反應」。這會使感染部位的血管舒張，細胞更易滲透，同時招集其他吞噬細胞趕來救援。對細菌來說，這意味著會突然出現更多想要消滅它的細胞。沒錯，人體內的細胞真的會從牆上爬出來（血管壁現在更容易滲透了）追殺細菌。
不消說，細菌跟稍後要談的其他病原體一樣，是沒有心智功能的。微生物不是人，它們無所謂「善惡」，不會「渴望」什麼東西，也不會「學習」或者「計劃」。這些詞彙屬於人類，或者起碼是有真正大腦的動物。一個微生物不會做判斷，沒有善惡感，也不會思考。它就是它，就是那樣活著，以特定的方式對環境作出反應。最近有人提出，一群微生物會表現出一定意義上的「認知」能力，但這是另一個話題了，此處暫且不表。
