交通部長林佳龍14日晚與行政院長蘇貞昌會面，蘇貞昌詢問林佳龍，「什麼時候是比較適當的請辭時間」，林佳龍表示，「4月20日」，除了太魯閣事故善後大致告一段落外，也以部長身分參加事故傷亡者的公祭，即負起政治責任離開內閣，蘇貞昌表示尊重，並批准辭呈。
蘇貞昌批准辭呈，旋即向蔡英文報告
行政院發言人羅秉成表示，蘇貞昌與林佳龍的對談，氣氛融合，林佳龍態度懇切，屢次表示堅定請辭的決心，亦希望蘇貞昌成全，以維護政務官應負的政治責任等相關憲政規範。據指出，蘇貞昌聽聞後深表肯定，對於林佳龍在事故發生當晚即趕赴現場、坐鎮指揮、不眠不休的精神予以讚賞。
蘇貞昌在批准林佳龍辭呈後，即向蔡英文總統報告，羅秉成表示，蔡總統尊重林佳龍的決定，也尊重蘇貞昌批准辭呈的閣揆權力，蔡希望政院後續仍應盡力在撫恤方面盡最大努力，並安撫死難者家屬，在賠償、照護等部分，善盡政府的責任。
林佳龍對此透過幕僚表示，感謝蘇院長的成全，也感謝各界的關心，相信各界的關心，都是希望台鐵更安全，並心繫因事故受創的家庭；卸任前，將全力推動台鐵花蓮和平段東正線軌道搶通及安全驗證、確立太魯閣408號列車事故罹難及受傷家屬撫卹協調及關懷照顧的機制、建立交通部內台鐵改革籌備準備工作小組等部務收尾工作。
誰接交通部長？蘇貞昌還在徵詢中
至此，林佳龍的請辭，暫告一段落，不過，誰來接替林佳龍，行政院表示，還在徵詢中。雖然接任交通部長者，需對台鐵的改善，提出具體作法，外界普遍對於台鐵本身不抱太高的改革期待，因此新任部長的責任就相對重要。
一般認為，在發生重大交通事故後，蘇貞昌可能會選擇較不具政治色彩者，而以技術背景者為優先考量；但是由事務官擔任部長，在民意與知名度都不如政治人物下，可能也會受到民間質疑；然而環顧民進黨內，具有縣市長背景、適合入閣接任部長的確實不多，即使如此，仍有不少人士爭取交通部長。
民進黨派系減少受外界挑撥機會
林佳龍確定請辭，政治衝擊面是減少在野黨的抨擊，也減少政壇對於蘇、林關係，或是蘇系或正國會的的派系關係做文章，畢竟此時還未到黨內選舉時刻，太早被挑撥派系矛盾，並非好事。再者，不論新蘇系或正國會，除了黨內競爭、也會有黨內合作，2022地方選舉，不只縣市長，縣市議員的提名與選舉策略，都有合作的必要。
黨內人士說，太魯閣號來得非常突然，但是民進黨對於重大天災人禍，反應都很快速，過去像是普悠瑪號事件、花蓮大地震、台南大地震等，或稍早的南方澳大橋斷裂、到近期遊覽車巴士撞蘇花山壁，不論救災、善後、重建、後續改善等，都普遍獲民眾肯定，這是與國民黨執政時較大的不同。
林佳龍迅提辭呈負責，降低政治衝擊力
事實上，也由於林佳龍很快就向層峰與蘇揆表達辭意，減少政治衝擊力，讓民怨沒有延燒，而社會的反應，亦大多指向一連串的意外與臨時處置不當，再者，檢調與運安會等陸續公布真實情況，都沒有掩蓋的企圖，也是林佳龍或蘇貞昌沒有被民意急切逼迫必須負責的主要原因。
至於台鐵公司化進程，羅秉成表示，近日蘇院長已密集開會，聽取若干可以解決台鐵安全的方案，包括解決財務虧損等；而台鐵公司化並不就是民營化，而是希望透過企業化經營，提升營運效率與行車安全，這是各界共同目標，也是蘇貞昌與林佳龍的共識。
