北農PCR專案於7月2日啟動，結果出爐，環南市場有41人呈現陽性反應，市場緊急封閉3天休市清消。
當時台北市政府針對萬大第一果菜批發市場、濱江第二果菜批發市場，以及環南市場進行大規模快篩，還出動三家醫療院所協助，力拚7月3日前能把逾1萬人都篩檢完。
環南市場自治會長林勝東也回憶當時情形，兩點半實施封鎖令，三點就要全員撤出，對於許多底層菜販來說，生命財產都在裡頭，沒做到生意一下子就得緊急撤離，宛如逃難一樣。
疫情期間，環南市場菜飯生意受影響，並且還有租金問題要煩惱。（攝影／趙世勳）
27日降級解封後，台北市政府也宣佈批發市場、傳統市場、夜市、百貨、賣場、超市，取消身分證分流管制，但是必須維持外帶、不能內用，且禁止試吃之規定。
台北市長柯文哲也強調，大家都很期待，也有很多產業需要解封，未來會視疫情情況考量逐步放寬，現階段以民生為優先，再多觀察一週。目前沒有其他國家採逐步解封，所以當做一件事情卻沒有範例可參考的時候要更小心。
環南市場回歸正常步調，但是採買人潮不如以往。（攝影／趙世勳）
時隔一個月，經歷一場疫情風暴的環南市場也回復往日的生活樣態，生意一落千丈，民眾仍不敢前來採購資。目前菜市場全員皆做完PCR篩檢並打過疫苗，環南市場已經被中央與北市府認可「最安全」的市場，菜販也吐露心聲，希望以往的人潮再回來。
