在北朝鮮，自從第一次美蘇聯合委員會陷入癱瘓起，「民主基地」論就開始抬頭。該理論主張，北朝鮮應該強化自身權力，成為民主主義的根據地，幫助南朝鮮的民主政黨及社會團體，肅清親日及反動勢力，並由北朝鮮主導實現統一。
在這一構想的基礎上，一九四六年八月底，北朝鮮勞動黨成立。其主要推動者是蘇聯。這是因為七月時，史達林曾祕密召見金日成及朴憲永到莫斯科，提議將北朝鮮共產黨與朝鮮新民黨合併。北朝鮮共產黨原本是朝鮮共產黨北部朝鮮分局，於一九四六年五月改名，而朝鮮新民黨則是延安派的金枓奉於二月在平壤組成的政黨，在首爾也有設立組織。金日成帶著史達林的提案回到北朝鮮，於八月二十八日至三十日召開合黨大會，正式成立北朝鮮勞動黨。金枓奉擔任委員長，金日成擔任副委員長，但無關職位，實際上掌握最高權力的當然是金日成。這一點從金枓奉在報告結束時大喊「我們的領導者金日成將軍萬歲！」，就可明顯看出。
因應北朝鮮勞動黨的成立，朴憲永於十一月將朝鮮共產黨、南朝鮮新民黨及朝鮮人民黨（呂運亨於一九四五年十一月成立的政黨合併，組成南朝鮮勞動黨。他在這個時間點已經越過北緯三八度線前往北朝鮮，因此他在北方遙控南朝鮮勞動黨，領導南朝鮮的革命鬥爭。
李承晚的「南朝鮮單獨政府」構想
另一方面在南朝鮮，右派的李承晚以第一次美蘇聯合委員會決裂為契機，開始主張建立南朝鮮單獨政府。李承晚首度發表這個構想，是在一九四六年六月三日於全羅北道井邑所舉行的演講上。這個以南北分治為前提建立單獨政府的構想，遭到許多輿論的反彈，美軍政廳也正式表明反對。這是因為美軍政廳尚未放棄重新召開美蘇聯合委員會，透過該委員會來解決朝鮮問題。主張反蘇反共反莫斯科協定的李承晚，遂成了眼中釘。
在這個時間點，美軍政廳積極支援的是中間偏右的金奎植及中間偏左的呂運亨推動的左右合作運動。該運動最終在十月時達成七項合作原則，並以組成左右合作委員會的形式取得成果。這七項原則規定了透過左右合作建立臨時政府、發表要求重新召開美蘇聯合委員會的聯合聲明，以及無償將土地分配給農民等等。可是，由於左右二派的中心政黨朝鮮共產黨及韓國民主黨反對這七項原則，對合作委員會也持消極態度，因此這個組織並沒有做出什麼顯著成果。翌年七月，呂運亨被右翼青年暗殺，左右合作運動因此實質上劃下句點。
李承晚無視美軍政廳的反對，在南朝鮮各地一邊進行遊說，一邊推動成立單獨政府運動。一九四六年十二月，他還為了向美國高官表達自身想法而遠渡美國。可是，美國政府相關人士並未與李承晚這位既非南朝鮮代表、又堅持主張反蘇反共路線的人進行交涉。
然而，到了翌年一九四七年，世界情勢開始朝對李承晚非常有利的方向發展。杜魯門總統對共產主義在歐洲各國逐漸擴大的狀況抱持警戒，於是在三月十二日的國會聯席會議上進行演講，宣布援助正在抵抗共產勢力威脅的希臘及其鄰國土耳其。「杜魯門主義（Truman Doctrine）」即是為了維護美國的安全而支援自由主義陣營，呼籲必須防堵共產主義。以此為契機，美國將政策轉為對蘇強硬路線。
美蘇聯合委員會的再開與決裂
儘管美國政府雖轉換政策為對蘇強硬路線，美軍政廳仍持續尋求重啟美蘇聯合委員會。四月，應霍奇的請求，美國國務卿馬歇爾（George Catlett Marshall, Jr.）寄信給蘇聯外交部長莫洛托夫（Vyacheslav Mikhaylovich Molotov）請求重啟聯合委員會。可是，馬歇爾在信中表示，如果蘇聯不合作，美國將準備在其占領區南朝鮮採取獨立的措施，展現強硬的態度。其後，馬歇爾與莫洛托夫書信往來好幾回，第二次美蘇聯合委員會終於決定在五月二十一日於首爾重啟。
然而，第二次美蘇聯合委員會與一年前的第一次美蘇聯合委員會遭遇了相似的問題，亦即選擇參與臨時民主政府樹立協商的政黨和社會團體時出現對立，會議很快就陷入停滯。而且美軍政廳在八月中旬以涉嫌計畫破壞活動為由，拘捕了大量南朝鮮勞動黨及左派團體成員。蘇聯方面抗議美國這種鎮壓左派的行動是妨礙聯合委員會運作的行為，但美國方面則反駁這是內政干涉，更要求蘇聯解放被囚禁在北朝鮮的曺晚植。
第二次美蘇聯合委員會已經完全陷入僵局，美國於是提議在華盛頓召開美蘇中英四國會議。可是，蘇聯政府拒絕這項提議，美國於是決定將朝鮮問題提上聯合國議程，請求聯合國祕書長將朝鮮問題排入大會。雖然蘇聯與波蘭反對，朝鮮問題仍在九月時被列入大會議題。就這樣，透過美蘇兩國解決朝鮮問題的途徑被斷絕了，蘇聯方面代表團於十月離開首爾。
聯合國通過南朝鮮單獨選舉案
李承晚主張的建立南朝鮮單獨政府構想，使得曾與他在反託管運動一同奮戰的右派陣營產生了動搖。代表右派臨時政府的金九等人認為阻止信託統治實現「獨立」固然重要，但同時也認為祖國的「統一」是不可或缺的。因此，他們無法贊同以南北分治為前提的建立南朝鮮單獨政府構想。如此，原本僅僅是贊成信託統治的左派及反對的右派之間單純的對立，進一步在右派中又分裂出支持單獨政府與統一政府的不同勢力。
在這樣的情況下，第二次美蘇聯合委員會決裂，美國將朝鮮問題提交給聯合國。在十一月十四日的聯合國大會上通過了美國的提案（蘇聯未參加投票），決定在聯合國的監督下實施南北朝鮮總選舉，為此設立聯合國韓國問題臨時委員會（The United Nations Temporary Commission on Korea,UNTCOK），並派往朝鮮。委員團的成員有澳洲、加拿大、中國、薩爾瓦多、法國、印度、菲律賓、敘利亞、烏克蘭等九國。
李承晚趁此機會，高聲呼籲即刻在南朝鮮舉行選舉。對此，美軍政廳一邊注意避免被李承晚掌握主導權，一邊支援他。由於美國政府轉換政策為對蘇強硬路線，美軍政廳只得放棄過去對中間派的支援，而開始與反共的李承晚緊密合作。就這樣，李承晚得到南朝鮮最強的後盾，在政爭中逐漸占據了有利地位。另一方面，雖然金九提出警告，假使只有南部舉行選舉的話將會造成南北分治，但他也認為，若能透過聯合國建立政府，就能夠擺脫信託統治，因此對情勢抱持較樂觀的態度。
聯合國韓國問題臨時委員會的委員團於一九四八年一月上旬抵達首爾，十二日召開第一次全體會議，八國代表（烏克蘭支持蘇聯，拒絕參加）與事務局二十七名人員開始活動。只不過，在這個時間點尚未得到蘇聯的同意，首先為了爭取美蘇兩軍的合作，議長寄信給美蘇兩軍的司令官，決定親自拜會兩位司令官。可是，蘇聯方面的司令官拒絕收下信件。情況逐漸明朗，聯合國韓國問題臨時委員會無法在北部執行任務。
隨後，委員團開始聽取朝鮮政治領導人的意見。可是在南朝鮮，受邀參加會談的只有李承晚、金九、金奎植等少部分人士。左派人士在美軍政廳的打壓下只得潛伏地下，無法聽取他們的意見。此外，蘇聯及北朝鮮拒絕讓委員團進入北部，因此委員團沒能前往平壤與金日成等人見面。
在這樣的情況下，委員團得出結論，無法靠自己的力量無法解決朝鮮問題，並將多個提案報告交給聯合國。其中，第一案是建議在委員會已達成任務的南朝鮮實施單獨選舉。根據這一提案，美國的聯合國代表於二月底舉行的聯合國小總會上提議讓南朝鮮單獨舉行選舉，以贊成三十一票，反對二票，棄權十一票的投票結果表決通過。投下反對票的二國為加拿大與澳洲，而蘇聯陣營則抵制會議，未參與投票。李承晚及韓國民主黨對於這個結果均表示歡迎，開始為五月十日的選舉做準備。
