賴神上任第一箭便是幫軍公教人員加薪3%，讓基層公務員備受鼓舞，不過也有人擔心加薪是否會造成舉債增加，又要省下哪些經費來加薪。軍公教加薪約花180億，除了有4成、約70億來自股民的證交稅之外，其他則來自各部會統刪人事費0.5%、委辦費4%、業務費3%以及對地方政府的補助3%；而公股行庫亦跟進調薪3%，將增加近21億，則是必須由其他支出項目撙節支應。可以說是羊毛出在羊身上。比起林全內閣提出的總預算，賴清德有增有減，但總的來說，歲出、歲入都比去年度增加。
各部會自行檢討只有內政部減少5億
各部會統刪的費用約117億。而原本行政院也要求各部會檢討預算，不過最後真正有減列的只有內政部，因前瞻計畫水建設中已經編列在污水下水道建設中，所以減列5億元，而其他部會幾乎都是項目的挪移；勞動部則為因應明年基本工資調漲，因此多編列10億元預算，補助勞工的勞健保費用。基金項目則為準備2020東京奧運，增列10億元。
不過修正後的總預算，仍有亮點。交通部為配合前瞻計畫軌道建設，減列生活圈道路交通系統建設計畫經費2億元，同額增列擴大辦理鐵、公路公共運輸間轉乘補貼經費。在其他非營業基金項目，高中校務基金、醫療藥品基金、中研院的科研基金都因為前瞻預算通過而有所減列。
朝野氣氛影響預算會期進度
賴清德上任後，首度召開的固定院會便是重新處理總預算編列，可以看出他前幾天積極拜會各黨團，有為總預算疏通的意味。因為臨時會民進黨團透過包裹表決通過前瞻總預算，為即將開始的預算會期埋下未爆彈。去年，因為通過黨產條例、一例一休、初審同婚法案，使得國民黨在審查今年總預算案時就提出近5000個提案來杯葛，最後表決了好幾百次才結束。
總預算其實是行政部門的咽喉，資深的立院助理曾提及，審法案的時候，部會不一定很積極來說明、拜會，但等到審預算的時候就頻頻請喝咖啡，立法院也只有透過預算審議的時候能對行政部會的施政計畫有所要求。而下個會期開始一直到年底，總共有28次院會，其中有10次就是用在總質詢，處理預算的時間顯得更為緊迫。在審查前瞻預算的時候，在野黨團就曾提及部會沒有積極溝通，這次賴清德就特別點名各部會角色，要大家全力溝通。
體育署、衛福部、文化部、故宮及原民會是「有待加強」單位
事實上，立法院國會助理工會日前才公布一項由近500位國會助理填寫的「國會聯絡評鑑」，調查結果顯示體育署、衛福部、文化部、故宮及原民會被列為「有待加強」單位；國營事業或政府財團法人中有待加強的則是漢翔、中華電信、海基會、法扶基金會及土地銀行。有待加強的原因是效率差、態度敷衍及不尊重委員需求。
據傳，在賴清德首次主持的立委便當會中，立委管碧玲就提及，希望行政院將施政特色，依照各部會、特別預算和總預算分門別類，把特色論述講清楚，如此一來委員的論述才會與行政院較契合，行政部會官員也要積極和立委辦公室溝通。賴清德強調，行政院各部會去跟立法院各黨團，甚至各委員的說明、溝通、協調，非常重要，這不僅可以讓法案、預算順利通過，也可以在非常緊湊的時間內完成。
今年度的總預算因為國民黨杯葛，一直到今年度預算已經開始執行、1月下旬才處理完畢，新閣揆上任，如何解決上半年因為前瞻大戰而僵持的朝野關係，順利通過明年總預算，也是賴清德的一大考驗。
