判決大翻盤，台北市政府在2021年6月指控「好心肝診所」共提供 1113 人接種AZ疫苗，且多非一到三類人員，甚至被傳出替非醫護人員如特權、藝人先打疫苗爭議事件，俗稱「偷打」疫苗，被北市府重罰200萬、取消合約診所資格，北市府還開記者會說明過，沒想到，8月14日最高行政法院的判決是好心肝勝訴，免罰。
四年前設偷打AZ疫苗，被北市府罰200萬元
2021年柯文哲擔任台北市長期間，遇到武漢肺炎（COVID-19）肆虐，根據當時台北市副黃珊珊表示，好心肝診所依據「0602專案」向市府提出要求，為院內約101名醫護人員施打疫苗，前後獲得市府衛生局再提供100瓶，總共115瓶。
沒想到卻爆發爭議的「偷打」疫苗事件，遭檢舉替許多非一到三類人員、藝人、特權階級優先打AZ疫苗事件。2021年6月9日市府派人稽查，當時查出共打了1113人，黃珊珊強調，施打對象大半不符合一到三類醫事人員，予以重罰，並將市府衛生局相關人員，移送政風處查辦。
2021年6月18日，北市府依據所違反傳染病防治法第29條第1項，重罰好心肝診所200萬、取消合約診所資格。事後好心肝診所決定上訴，打行政訴訟，去年7月4日，好心肝診所敗訴，不服而上訴，這次，變成台北市政府敗訴。
在好心肝不符合資格卻施打AZ者，共541人
回顧當時市政府劑者會有媒體提問，好心肝診所負責人許金川與台北市長柯文哲是師徒關係，診所才能獲得100瓶疫苗（約可施打1000人），柯文哲的回應是：「直接認錯就好了，我們（台北市）管控上有問題。」
根據最高行政法院在8月14日的113年度上字第494號判決書中的記載，所謂真正不符合一到三類人員資格，又打了疫苗的共541人。被台北市政府罰200萬元，卻可以不用繳了。
臺北市政府衛生局對診所裁罰200萬元的行政處分與訴願決定都被最高行政法院撤銷，臺北市政府衛生局需負擔第一審與上訴審的訴訟費用。
法律公告程序有瑕疵，認為「接種計畫」不具法律效力
關鍵的原因是，法院認為當時指揮中心雖有防疫指揮權，但並非傳染病防治法的中央主管機關（即衛福部），因此其發布的接種計畫不具法律效力。為什麼不具法律效力呢？因為公告的過程有瑕疵。
判決書中寫道，指揮中心僅以記者會、網站公告等方式發布，不符「法規命令」的發布程序（例如刊登政府公報）法定程序。因此，好心肝診所雖未依接種計畫執行，但不構成違反傳染病防治法第29條第1項，裁罰無法律依據，判好心肝勝訴。
