在醫療人力持續緊縮、醫療現場瀕臨崩潰的壓力下，「醫師加班費免稅」政策再次被推上檯面，成為政府、立法院與醫界三方的共同焦點。
因醫院主治醫師並未納入勞基法，但若為照顧病人、執行醫院指派任務需延長工時。醫師公會指出，目前住院醫師已納《勞基法》保障，有工時指引規範，但主治醫師因工作性質特殊且自主性高，尚未納入《勞基法》，為留住人才並反映其勞動價值，因此爭取醫師加班費免稅，預估約可減免1/3的賦稅。
健保署今年6月舉行「醫師常態時間以外執業所得稅務研商會議」，會中提及若超過基本工時每天8小時、每周40小時，或於休息日執行職務，討論加班減稅。
國民黨立委廖偉翔10月底在立法院質詢時，強力要求衛福部必須在今年底前拍板，讓相關措施能在明年報稅時適用，以期改善醫療留任問題。醫師職業工會也以明確立場表示支持，但同時提醒這項政策若沒有配套與監督，仍可能衍生新的問題，甚至被醫院反向利用。
醫療人力崩潰危機浮現
廖偉翔指出，台灣醫事人力長期不足，尤其急重症、兒科、多個基層專科面臨前所未有的人力流失，許多醫院找不到夜班醫師、偏鄉醫療更難招募人手，形成惡性循環。
醫師工時普遍過長，甚至一週工作超過70小時；值班、夜班壓力沉重，但健保給付長期停滯，使薪資被認為遠不及付出的工作量。若不盡速改善，未來可能在偏鄉與急重症醫療出現「照護空窗」，直接影響全民安全。
在此情況下，廖偉翔認為，政府至少應先從可立即執行的改革著手，而醫師加班免稅便是一項能快速提高醫師實質收入的具體工具。他批評衛福部過去在健保給付調整與工時制度上進展過慢，更指出醫界反映多年，卻始終未看到明顯改善，因此要求衛福部須在今年底前完成制度，不能再拖延。
對此，衛福部長石崇良回應，目前已在研議將醫師加班費抵稅的機制，納入《健保特約醫療院所管理辦法》，使醫生延長工時的費用能比照《所得稅法》一般加班費免稅的標準。他在立院承諾，希望「年底前完成相關作業」，讓醫師在明年報稅時即可適用免稅。
健保署署長陳亮妤也在2日出席活動時回應表示，不管是醫師公會全聯會還是財政部，過去進行多次溝通，感謝跨黨派的委員們支持，目前草案已送衛福部，預計比照警消加班時數比例，實施減稅措施，希望今年底前上路，明年報稅開始實施。
醫師工會支持免稅，但警告兩大風險
對於加班免稅的推動，醫師工會理事長陳亮甫表示，這項方向正確，也符合許多醫師的期待。過去部分醫院雖已有替醫師「結稅」的作法，但因法規不明確，多數醫院不敢全面進行；若由政府統一規範，可讓醫院依法操作，也能真正提升醫師的實質收入。
不過，陳亮甫也提醒，政策的實施並非沒有風險，甚至可能產生和政府初衷相反的結果。
他指出，第一個問題是「工時認定」。他指出，醫師傳統上以責任制為主，不習慣打卡，工時往往難以準確記錄，若未來為了申報加班費而必須導入打卡或新制度，可能增加行政負擔，也容易引發醫師反彈。
因此工會認為，必須採用能減少摩擦的方式，例如更自動化或醫院內部整合的工時管理工具，避免加重第一線工作壓力。
第二個疑慮，則是醫院是否會趁政策推出時調整薪資結構、變相減薪。陳亮甫指出，一旦加班費免稅，醫師稅後所得增加，但醫院也可能以此為理由下修本薪或其他津貼，使醫師「看起來領得一樣多」，但醫院實際支出反而減少，導致政策目的完全被抵銷。
工會呼籲，衛福部必須同步建立監督機制，如有必要應制定透明化要求，避免醫院藉免稅政策調整薪資，使勞資關係更加緊張。
政府期待透過免稅改善留任，但能否有效仍待驗證
從政策推動角度來看，免稅被視為現階段政府能快速提高醫師待遇的方法之一，與調整健保給付或大規模改革工時制度相比，免稅政策成本可控、執行相對迅速，也能被視為政府向醫界釋出重視訊號的一步。
然而，各界普遍認為，加班免稅的效果仍有限，仍不能取代根本改革。醫界與專家多次提醒，醫療崩潰背後的結構問題包括不合理的工時、行政負擔、健保給付偏低、科別差距巨大、偏鄉誘因不足等，若以上環節不改善，免稅政策最多只是一項能緩和現況的「紓困措施」，而不是長遠留才方案。
一名醫師向《信傳媒》透露，這項政策之所以成為焦點，不僅是因醫界壓力累積已久，也因台灣醫療人力問題在近年呈指數式惡化，急診過號、兒科離職潮、偏鄉醫療斷層等議題接連引發社會討論。「政府在面臨民意期待下，確實需要提出『看得見的改革』，讓加班免稅成為一個政治上務實可行、社會上容易理解、醫界普遍支持的政策工具。」
不過各界也清楚，台灣醫療環境的困境並非一項政策即可扭轉，醫療端最擔心的，是政府提出免稅後便自認完成任務，忽略真正需要長期改革的工時與薪資結構問題。「若未來醫院因免稅而調整薪資，醫師收入未增加、行政負擔卻上升，政策可能反而引發反效果。」
他強調，改革的第一步固然重要，而免稅政策正是這第一步，但醫療人力的永續，仍需在薪資、工時與制度面進行更大規模的調整。未來幾個月，政策細節的公布與後續影響，將是醫界、政府與社會共同關注的焦點。
