行政院發言人李慧芝29日表示，行政院長卓榮泰同一日約見楊珍妮後，楊珍妮再度重申6點聲明，並表達將持續說明主張以捍衛個人名譽。依據相關辦法，卓榮泰決定7月1日起停止楊珍妮政委職務；至於台美經貿工作小組仍由行政院副院長鄭麗君召集，持續推動台美經貿合作與談判工作。
關於楊珍妮是否霸凌顏慧欣的事件，在行政院調查報告出來之後，案情急轉直下，報告認為楊珍妮涉霸凌，但楊珍妮看法完全不同，行政院長卓榮泰終於在29日約談她本人，不確定是否為第一次，但約談後，確定7月1日起暫停政委的職務。
根據台灣基進台北市內湖南港市議員參選人吳欣岱先前的說發，行政院霸凌報告針對 12 個項目進行調查，認定其中 2 項構成職場霸凌。經貿談判辦公室總談判代表楊珍妮，持續以冒犯的負面方式，多次否定顏慧欣的意見、打斷她的發言，造成一個冒犯性的不友善工作環境，讓她身心承受巨大壓力；而且受害的不只顏慧欣一個人，報告也認定楊珍妮以同樣的方式對待辦公室其他同仁，造成內部的高壓與緊張。
意思是，國貿局內部也有人是反楊珍妮的。
楊珍妮也不干的發表5點聲明，否認霸凌，重點在26日發布調查報告是基於少數人士片面之詞做成，並未提示證據、給她任何說明或答辯機會。
而且，楊珍妮表示回想顏自去年9月起請長假5個多月期間與她互相鼓勵彼此，在顏慧欣過世後顏家友人敘述她與顏副總之關係驟變，前後判若兩人的變化是明顯無法連結、也無法合理解釋的鐵一般事實。
重點是，楊珍妮強調「另有圖謀人士」在背後操作、不斷向媒體放話而啟動、創造輿論聲量，將她加上「霸凌」罪名。
楊珍妮涉霸凌案，卻掀起國貿幫的「內鬨」，經民連律師賴中強曾公開在臉書上寫到，國貿局(後改制國貿署)有3位局(署)長：楊珍妮、陳正祺、江文若，「在國貿幫眼中，顏慧欣就是踩線的外人」。
賴中強指出，國貿幫大老就是蕭萬長(兩岸企業家峰會榮譽理事長)、江丙坤(已故，兩岸企業家峰會理事長)、陳瑞隆(兩岸企業家峰會副理事長)。顏慧欣本身是學者出身。其父顏慶章雖因阿扁信任，出任駐WTO代表，但是財稅官員出身，兩邊本不屬於同一掛。意思是楊珍妮停職，但國貿幫仍把持國貿局天下。
