行政院自從在9日宣布將提案修法，將農田水利會改為公法人之後，不斷被批評是「開民主倒車」，為了掌握農田水利會的資源。農委會副主委陳吉仲出面澄清，強調水利會改制為公法人，是他在智庫時期就已經討論定案的結果，早在去年總統蔡英文520上任之前就已經討論許久，自去年至今，曾召開相關聽證會，不是為了選舉，也絕對不是倉促提出。
水利會歷史悠久弊端多
陳吉仲表示，1991年國民黨就提出水利會改為公務機關，指出改制公務機關才能防杜弊端，「這句話，到目前為止仍然適用」，意在反駁連日來國民黨智庫與立委的批評。
陳吉仲回顧台灣農田水利歷史，水利會係從日治時期的水利組合演變而來，1991年國民黨執政，提出水利會改為公務機關，當時的理由是為因應社會變遷農業生產環境改變，水利會面臨經營困難，改制公務機關才能防杜弊端。陳吉仲指出，水利會歷屆會長改選，選舉投票率偏低，過去4次投票率不到3成，各地水利會歷屆選舉，造成內部裂痕加深、派系惡鬥，「會員當中是否真的都是農民？」
除了選舉惡鬥之外，陳吉仲也提到，目前17家農田水利會當中，有幾家都會區水利會較有錢，但也有財務困窘、面臨破產的水利會，面對未來極端氣候挑展，台灣水利會必須推動政策改革。事實上，歷屆水利會會長改選勞民傷財，這對財源窘困的水利會來說是負擔沈重，因此，2015年農田水利會聯合會會員大會也曾建議政府，不要再推動選舉。
改制是為了調配水源
前農委會主委陳保基在國民黨智庫記者會中指出，公務機關化除了財產以外，還有無法像現在水利會從事調配水源的問題，現在有1000多位掌水工24小時負責農田供水，改成公務機關後的執行問題，還有水利會被放在農村及農田水利署下，明顯把農業用水降格等問題。
陳吉仲反駁，水利會改制之後，最重要的就是可以擴大服務範圍，因為目前台灣80萬公頃的耕地中，不到一半在水利會灌區，未來可望擴大，也期待透過政府統籌水資源調配，更有效率。除了提升農業用水使用效率，陳吉仲強調，目前有6000多公頃農地，遭到重金屬污染，這是台灣長期農業與工業用水「灌排不分」導致的污染，水利會升格為公法人後，將可以加強工業與農業廢水污染查緝，灌溉用水品質將可以提升。
加強民主監督
外界質疑，農田水利會升格公務機關是「開民主倒車」，陳吉仲則提出數據，自1994年之後，水利會費是由政府補助，近十年來，政府平均每年補助58億元，佔了水利會支出將近一半，反而使得會員參與會務比率將低。事實上，水利會只有少數資產是會員捐獻，大多數資產最原始時都是國家的，而且未來改制後，我們也不會將資產收為國家所有，而是成立基金，所以基本上人民財產不會受改制影響。
改制之後，農田水利會的土地與現金將成立為特種基金，專款專用於農田水利事業，而機關將採公務人員與水利會職員雙軌並存，現有農田水利為職員繼續適用水利會人事管理規則，以法律明文規定保障職員工作權。
