慶富承造獵雷艦涉及舞弊事件，馬政府時期的行政院秘書長簡太郎遭爆報曾二度進入總統府面見當時的副總統吳敦義，且時間點就在簡協助召開2次聯貸案協調會期間，事後一銀就通過205億元聯貸，因此吳敦義與簡太郎的關係啟人疑竇。
吳敦義日前接受網路直播專訪時說，慶富董事長陳慶男在馬政府8年期間，到過總統府5次，都沒發生甚麼事，但兒子陳偉志（在蔡政府時）到總統府一次，就解決國防部24億元的撥款問題，暗諷蔡英文政府也涉入其中。不過，外界也懷疑吳敦義與陳慶男、陳偉志父子「切割」的舉動大有文章。
因為據檢調掌握發現，在馬政府時期二度召開的獵雷艦貸款協調會議期間，時任行政院祕書長的簡太郎曾2度進入總統府，面見了當時的副總統吳敦義。而馬英九擔任總統期間，陳慶男家族4次入府參加國宴，而且又都是唯一的民間代表，因此懷疑陳家與馬政府的關係不單純。
據《鏡週刊》報導，簡太郎在2015年9月18日於行政院召開第一次聯貸案協調會，而檢方掌握簡太郎在5天後前往總統府與吳敦義會面，又在10月14日再度進府與吳碰面，在2天後就確定由一銀接手主辦聯貸。而且，簡太郎從2015年5月到2016年4月近一年的時間內，有紀錄的入府會面次數只有這2次，被懷疑有很大巧合。
對此，簡太郎則回應，2015年9月23日式與吳副總統討論美牛進口問題；10月14日則是討論朱立倫參選總統，隨後就陪同馬總統與立委餐敘，絕沒有談過慶富案。
見面次數很多，但從未談及獵雷艦
「何止2次？起碼50次以上」，但次數不是問題。吳敦義說，依馬政府慣例，每周府院都有一次定期會議，出席者包括總統、副總統、總統府秘書長、行政院長或行政院秘書長、黨籍立法院長或副院長、國民黨主席與黨秘書長等，行政院秘書長簡太郎很自然會代表政院出席會議。他兩人碰頭機會很多，但簡從來沒跟他提過潛艦與獵雷艦的事情。
對於與陳氏父子「切割」的說法，吳敦義則說，副總統沒有明確職權。他和慶富案「從來沒有黏過，幹嘛要切割？」他強調自己不會有任何狀況，也不覺得委屈，任何往他這邊，往前總統馬英九或往他見了誰幾次的質疑，都沒有用。
吳質疑蔡英文：與陳慶男「一家人走灶腳」
吳敦義22日在國民黨中央黨部主持黃復興黨部主委金恩慶佈達典禮時，做上述回應，同時他也再度質疑蔡英文，在今年7月的基隆海安演習時，慶富董事長陳慶男進入到總統維安封鎖線內，與蔡英文握手，還講了一句「總統妳交代的，我都有做了」的話，這有可能是蔡總統同意，請侍衛長放行。
吳敦義說，另一個更值得深思的可能是，維安人員看陳慶男很熟了，是熟面孔，等於「一家人走灶腳（廚房）」，就讓他進來了。因為不可能總統不想見、維安不熟悉的人可以橫闖進去，這是中華民國維安史上從未發生的事情。
「那張照片有千言萬語也抵不上」。吳說，正如外界質疑他在副總統任內宴請瓜地馬拉副總統時，當時陳慶男因為是瓜國駐台榮譽領事，所以應邀赴宴作陪，而他只見過陳這一次。
前辦公室主任助慶富 吳敦義：通通沒有
另外，還有《上報》報導指出，曾任吳敦義副總統辦公室主任的蕭長瑞，在後來擔任台銀總經理時，曾要求台銀貸款從3億元增至20億元，因此懷疑聯貸案可能與吳有關。
吳敦義今天也對此做出回應，他表示蕭從來未向他提過貸款事宜，「通通沒有」，吳強調自己擔任副總統不會逾越分際，做職權以外的事，他批評總統府「放消息是沒有用的。」
包括他曾宴請瓜地馬拉副總統，還有馬英九邀宴的四次國宴一樣，吳敦義說，總統府依照外交部禮賓司等建議，邀請與南太平洋國家有關的榮譽領事出席，次數多少，跟獵雷艦案沒有任何關聯。
