今年3月在中國「被失蹤」的民進黨前黨工、非政府組織工作者李明哲遭中國政府指控「顛覆國家政權罪」並判刑5年。事實上，中國官方早注意到李明哲以外，還注意到了這幾年他是以非營利組織身分在中國活動，因此官方針對所謂的「非營利組織」，尤其是一些被認為在中國宣傳民主理念的基金會修訂了非營利事業組織法，結果外貿協會駐中國單位也遭殃。
李明哲案在28日宣判，中國法院以「顛覆國家政權罪」處其有期徒刑5年、剝奪政治權利2年，李明哲當庭表示不上訴，然而李明哲過去是以非營利組織型態在中國宣揚民主被有關當局盯上，中國官方也順勢整頓，修訂非營利組織法，消息來源表示，中國官方當初是針對美國福特基金會修法。
美國福特基金會（The Ford Foundation）在1988年進入中國設辦事處，主要是協助中國穩定高就業、經濟機會平等、改進勞資關係等議題，捐贈給中國在城市扶貧、農村扶貧、人權與與社會公正、治理和公共政策、教育與文化、國際事務等領域至少19億人民幣，但福特基金會工作重點「促進民主制度，包括維護思想自由」在近年被中國官方特別注意到。
本屬商務部管轄，竟變公安部
消息來源指出，由於中國官方認定福特基金會和一些中國維權人士、異議人士有所關聯，開始著手修法，於是，中國政府在2016年一口氣將非營利組織NGO的主管機關劃給了公安部，沒想到，台灣外貿協會派駐在中方的單位也中槍。
一名貿協高層透露，外貿協會在中國以NGO型態登記，貿協在東北大連、四川成都、山東青島、北京、上海、廣州設立六大據點，以及附屬派駐的南京、廣西的辦公室，原本的主管機關是商務部，去年一修法以後，主管機關瞬間變成了公安部。
一位台商表示，公安部也清楚貿協沒有任何政治意圖，是兩岸經貿往來的窗口，但三不五十還是很「盡責」的派人到辦公室坐一坐，掌握一下最新的情形。某位貿協人員表示，當然還是跟商務部往來習慣，因為很多台商的業務其實都和商務部有關，貿協和中方商務部的官員也比較有共同語言。
但這位台商也說，在李明哲案3月正式爆發後，中方對貿協並沒有特別的加強監管，仍遵守在商言商的遊戲規則。只不過因為中國對各外國組織在當地的政治活動而加緊監控，讓貿協遭池魚之殃，這是當年貿協以NGO登記註冊身分時始料未及的。
