馬偕醫院董事長劉伯恩與台灣百合正義會之間的法律衝突愈演愈烈，繼百合正義會指控董事長劉伯恩，院長施壽全等人私設公司後，通過投票讓自己成為BOT案兒童醫院的興建規劃小組成員並提告背信罪，劉伯恩在13日也向北檢反告百合正義會成員，隔天，馬偕醫院各單位收到公文，要求所有往來公文不得外洩。
「我們今天各單位都收到公文，要求各單位自己的公文紀錄等不得對外洩密，違反者將處罰。」一名馬偕醫院醫生14日向記者透露，令人不禁懷疑，院方這個動作是否為了董事長劉伯恩、院長施壽全與台灣百合正義會之間的法律訴訟動作，並且防止有內部人士向媒體爆料？
百合會控劉伯恩等違法私設公司
台灣百合正義會先前指控劉伯恩、施壽全等人明知醫療法人不能設立公司，卻不經董事會決議，執意設立公司，並舉證馬偕生物科技股份有限公司、馬偕管理顧問股份有限公司、馬偕真理股份有限公司這三家公司的董監事都是馬偕醫院的人員，包括馬偕醫院董事會秘書蔡幸君、馬偕醫院董事會法務施冠軍等，台灣百合正義會並向地檢署按鈴申告劉伯恩等6人。
劉伯恩在自己臉書上寫道「這是我來馬偕近九年第一次看到院長這麼傷心的掉下眼淚，在我還沒回神時，才發現我的嘴角也已經濕透，我們兩個阿長似乎用淚水向上帝傾訴內心的委屈與痛苦！舜間腦海浮現一幅幅近來某媒體接受某人的指使暴料、不斷的抹黑！有一些認識我的媒體一直鼓勵我出來反擊…」
11日，台灣百合正義會今針對招標規模達30億元「新竹市馬偕兒童醫院BOT案」疑有弊，前往新北地檢署遞狀再告劉伯恩、院長施壽全，以及董事郭張麗鳳等人涉及背信罪。
百合正義會指控說，劉伯恩等以董事會中多數票壓倒性通過決議指定自己擔任馬偕兒童醫院興建規劃工作小組成員，負責馬偕兒童醫院軟硬體預算審核、採購發包與建築規劃審查，
劉伯恩等反控其他董事會成員惡搞
根據《民報》的報導，正義會許代表對媒體說，「工作小組是董事會成員四個人加一個公正人士，為什麼就是你們四個人進去？今天這種情形就好像是交通部要做一個重大公共工程，然後行政院院長、副院長、秘書長加交通部長四個人進去工程督導小組，這種吃相是不是太難看了？」因此向新北地方法院檢察署對劉伯恩、書記董事林柏壽、院長施壽全、馬偕新竹院區院長蘇聰賢，以及董事郭張麗鳳等人遞狀提告背信罪。
這次，劉伯恩不再忍，連同被百合正義會提告的其他三人對正義會提告（除了林伯壽），並在馬偕醫院官網上表示，此事經審慎調查後，掌握關鍵證據，竟發現幕後主謀者為馬偕董事會特定董事及特定院內員工，該名董事除將董事會資料外不法洩漏給該一、二家特定媒體，指控百合會等涉嫌加重誹謗以及非法洩漏名單。
而院內各單位隨即收到公文通知，各單位公文不得外洩，雖然馬偕醫院不像長庚醫院、國泰醫院、亞東醫院等由財團支持，但這場惡鬥也暴露了，醫療財團法人的問題，跟是否由財團支持已沒有多大關係，然而外界也在等衛福部的反應。
