高雄醫學大學自2016年便爆發董事會爭議，除陳家董事會違法亂紀外，後續又再爆出校長黑箱作業，導致高醫大產出兩位「雙胞校長」。對於種種爭議，教育部高教司在歷經3個月的調查過程後1月30日終於公布調查報告，明確表示高醫大董事會、校方確有違失事項，要求董事會應嚴格劃分附屬醫院與學校財務，並修正陳啟川家族的就醫優惠，而董事會及校方需在1個月內改正。
高醫大校長需重選
此外，引發外界高度關注的校長遴選案，教育部高教司司長李彥儀表示，不會核定高醫大先前核報教育部的新校長鍾育志人事案，要求高醫大必須先補選董事、並重組校長遴選委員會，再重選校長。
除了高醫大以外，還有最近人盡皆知的台大校長遴選爭議，以及陽明大學、文化大學等學校的校長遴選也不盡順利，都顯示教育部在高教這一塊螺絲恐怕還要再栓緊，知情人士也笑稱教育部長潘文忠「官運真差」，自上任以來高教問題便不斷冒出。
高教校長大亂鬥，國教出身部長面臨考驗
事實上，潘文忠出身基層，從國小老師當起，再進台北縣府（現改制為新北市）擔任教育局官員，一路再當到教育部的國教司司長。直到2016年台中市長林佳龍「忍痛割愛」，潘文忠才離開台中市副市長職位，被徵召到中央擔任教育部長。當時行政院的人事令一公布，一些民間教育團體也表示支持，肯定潘文忠應能有助於平衡國教與高教。
由此可知，潘文忠一路走來深耕國教界，對於國民義務教育範疇較熟稔，而在潘文忠上任時幾位專家也推測潘文忠出線代表蔡政府要扭轉過去教育部一向「重高教、輕國教」的形象，力推12年國教，這恐怕也是潘文忠能擊敗當時的教育部長熱門人選—前台大副校長、前教育部次長、現科技部長陳良基的原因。
潘文忠是12年國教課綱的重要起草者之一，而潘文忠在推動12年國教、修正實驗教育三法等國民教育課題上也確實有所作為。但在高教政策上，從人事面不停爆發的大學校長遴選爭議、玉山計畫被認為對基層教授不利，再到學生面臨的大學考招問題、學用落差等等，都被認為政策方向缺乏完整規劃。
國教行動聯盟理事長王立昇就曾對媒體表示，潘文忠做事稍嫌中規中矩，過度強調瑣碎事件的決議。而全教總理事長張旭政也認為，潘文忠上任以來沒有突破與創新。
高教政策缺乏規劃，癥結在《大學法》、《私校法》
雖潘文忠上任以來，高教問題真的一籮筐，但就大學校長選舉、董事會爭議而論，若要追本溯源，根源恐怕還是源頭的《大學法》、《私校法》規範不夠完善。
台大國發所教授劉靜怡指出，台大這次爭議會這麼多，其實還是因為《大學法》中沒有明確規範教育部的權責到哪、面對爭議時教育部可以管到什麼地方，才會導致現在遴選委員會所惹出的爭議，竟然還是由遴選委員會討論的局面。
劉靜怡提及，校長遴選委員會在選舉程序中有所瑕疵早就不是第一次，2014年時成大也發生過。而2016年蔡政府上任之際，即使時隔2年，前成大校務會議學生代表吳馨如也偕同民進黨立委何欣純召開記者會，要求新政府全面檢視國立校長遴選制度。不過，後續教育部並沒有提出相關法條修正案，也因此各校陸續傳出爭議。
對此，高教司長李彥儀表示教育部為避免「舊事重演」，會檢視後提出修法，並在1年內完成修法。
