距離1月5日台大宣布將由管中閔擔任新任校長已過了1個月，這1個月以來，歷經管中閔獨董身分未主動揭露、與暨南大學教授陳建良合作掛名的論文涉嫌抄襲等等爭議，教育部4度發文台大函請說明，台大也屢屢發文回應。而在1月31日時，台大校長遴選委員會再度召開會議，經過6小時的會議討論後，遴委會終於做出結論，認定管中閔當選台大校長資格「毫無疑義」。
遴委會做出決議後，台大數位教授對其決議不滿，要求將爭議回歸校務會議處理。1日時台大校務會議學生代表發起召開臨時校務會議連署，2日下午突破1／5門檻，35位校務會議代表連署，而學生代表已在今日（5日）一早將連署書送達台大秘書處。
回到最高權力機構：校務會議
根據台大校務會議組織規程「凡經校務會議代表1／5連署，『校長』需在15日內召開臨時校務會議。」但此次的爭議就是環繞在新任校長管中閔身上，不免讓人困惑，程序該如何進行？不過，目前教育部也尚未核定管中閔的人事案，仍需經高教司、法規會等單位檢視研判，因此上述情況還未必會發生。
回到爭議焦點，根據台大遴委會31日的會議紀錄，遴委會認為「管教授揭露兼任台灣大獨立董事一事，對於遴選結果有無影響等節『非本會所能推論』，亦難認定會有影響。」最終宣告遴選結果毫無疑義。
校務會議學生代表童昱文認為，既然遴委會無法認定，那就交由台大的最高權力機構—校務會議來判定，校務會議有義務針對遴委會無法釐清的爭議成立特別調查小組，進行實質審查。
台大：遴委會才是權責單位
事實上，此次台大校長的遴選過程分為2階段，第一階段為校務會議投票、第二階段才是遴委會投票。童昱文強調，在整個校長遴選過程中，台大校長的產生是由「校務會議」和「遴選委員會」共同參與並決定，因此校務會議推薦投票階段的合法性檢驗，應由校務會議及遴委會共同分享，而非單由遴委會所決定。
不過，此次臨時校務會議成案，台大校方強調，依照教育部與台大的《校長遴選辦法》，校長遴選的權責單位是遴選委員會。而教育部也表示尊重大學校務會議的運作，但會議討論出來的結果，只可作為遴選委員會的「參考」。
對此，童昱文認為，面對諸多爭議，校務會議應檢討並修正相關遴選辦法，共同研商如何補正程序瑕疵。童昱文指出，爭議所起的癥結點在於，遴選相關辦法中未明定瑕疵認定的準則，以及瑕疵發生時的法律效果。若這個大問題不解決，日後恐怕還會再陷爭議。
程序正義才是訴求
對於此次台大校長爭議，外界人士多認為是因管中閔具有馬政府時代國發會主委的背景，而先前民進黨立委張廖萬堅、蘇巧慧、何欣純等人出面指控管中閔學術倫理一事，更讓「藍綠惡鬥」滲入台大的說法甚囂塵上。
事實上，當初學生會主辦的學生意向調查中，有1／3的學生投給管中閔，象徵部分學生對於管中閔有信心。對此，童昱文強調，要召開臨時校務會議並非外界所言是「要把管教授拉下台」，是希望將校長遴選議題帶回台大校園，讓程序完備。
在此次的風波中，台大校方與外界人士一直要求教育部盡速核定遴委會的決議，認為這是尊重「大學自主」。對此，台大國發所教授劉靜怡認為，大學自主應建立在符合「民主」和「法治」的最低標準下，大學自主不代表可以不受合法性監督。而此次也是候選人之一的電機資訊學院代表吳瑞北也提及，《大學法》中規定「大學在法律規定範圍內，享有自治權」，因此談大學自治時，不可逾越法律的規定，這也是大學自主的「自我監督」。
