馬偕醫院的人事問題紛擾近3個月，終於在衛福部的一紙公文下塵埃落定。1月16日，長老教會在總會會議中認定劉伯恩涉及私設公司、偽造文書等事例，認定其違反《基督教長老教會條例》中「觸犯刑法罪章，經法院判決有罪確定者，不得銓派董事」的規定，因而決議解職劉伯恩的董事長職位，在董事會中亦選出蔡國明出任代理董事長。
不過，當時劉伯恩便抗議會對法院提出抗告，交由法院審理。而台北地方法院在2月27日時做出裁決，裁定「禁止相對人（蔡國明）行使台灣基督長老教會馬偕醫療財團法人代理董事長職權」，劉伯恩取得暫時性勝利。
而如今又再有變數，衛福部於13日回函長老教會公文，內容提及針對「劉伯恩喪失原單位候選資格，解任董事職務，另補選蔡國明繼任董事長」一事許可。衛福部公文的意思是，除非劉伯恩再度提出訴願，否則這次的人事爭議便畫下句點。
衛福部：長老教會決議業經許可
雖劉伯恩在台北地院獲得勝訴，但由於劉伯恩的種種舉動引發長老教會不滿，長老教會已向台北地院抗告。此外，長老教會函文衛福部，交由中央主管機衛福部來定奪。最終，衛福部核可長老教會的函文。
根據《醫療法》，醫療財團法人董事長的產生經由董事會選出後，需交由中央主管機關衛福部核可後上任。而如今代理董事長的蔡國明受到衛福部核可，意即劉伯恩已遭到解職，長老教會只要以衛福部的公文向台北地院抗告，先前的裁決便能撤回。一直關注此事的台灣百合正義會認為，劉伯恩這次恐怕真的無以回天。
私設公司爭議尚未告終
對此，馬偕醫院公關部門目前仍沒有回應，劉伯恩是否會再次提出訴願還有待關注。而事主長老教會原先因擔心事態有所變化而沒有表態。但今晚（16日），長老教會發出聲明表示，由蔡國明接任董事長，任期至今年11月14日止。
此外，針對被指控的私設公司等情事，劉伯恩先前接受媒體採訪時強調「沒有證據可以證明」。不過，針對私設公司一事，台灣百合正義會於去年12月時便已向台北地檢署按鈴提告劉伯恩等人涉及背信罪，至今結果尚未出爐。
