管中閔案不只讓現任教育部長吳茂昆陷入水深火熱，也連帶讓教育部進行一場人事大變動。除前部長潘文忠承認是因為台大案萌生退意、留下一句「遭到泛政治化的攻擊和汙衊，希望停止所有政治操作」霸氣辭任後，兩位政務次長姚立德、蔡清華也雙雙提出辭呈，僅常務次長林騰蛟留下。
不過到了最後，蔡清華因文藻大學的借調期滿、將回歸學校教書，他的位子由數學大老、曾任師大數學系系主任的林福來接任。總統府於4月30日發布錄令通知，林福來於1日正式上任。而另一位政次姚立德則確定留任。
台大案關鍵姚立德留任
在蔡清華與姚立德先後提出辭呈後，被詢問到未來動向時，2人便有不同的回應。在面對詢問時，蔡清華第一時間便表示希望回到學校教書，而姚立德則回應「身為政務官，要和部長共進退，因此提出辭呈。但是否續任，需和新部長討論。」
事實上，過去潘文忠確實因管案承受外界極大壓力，無論是藍營立委、還是挺管派都紛紛指謫他「卡管保官位」。對此，潘文忠也多次回應「我從不戀棧！」不時也因此動怒。但也有一些學界人士認為，其實此次管中閔的事拖延了足足3個月，姚立德也應該負起責任。
提出辭呈當下，姚立德也表示自己是政務官，也是台大遴委會的官派代表，既然部長去意已決，他也會負起政治責任。不過，當時外界便推測這次的請辭應該只是形式上和部長同進退，兩位政次也可能會在新部長上任後留任。最後，姚立德也確定留任了。
姚立德：獨立行使職權
不過，也有台大教授質疑，雖如今教育部決定駁回遴委會決定，但至今仍餘波盪漾，風波也沒有平息的趨勢，身為官派遴委的姚立德是否也應該做出說明？
對此，在台大遴委會於4月28日發表聲明，表示拒絕重啟遴選後，姚立德也做出了回應。姚立德和另一位於1日請辭的遴委沈冠伶皆不認同遴委會未取得所有遴委同意、便發出聲明，對遴委會的做法表達遺憾。
此外，姚立德也再次強調，本於《台大校長遴選委員會組織及運作要點》第五條所述「本會應本獨立自主之精神」，他和其他2位教育部委員都是「獨立行使」遴選校長的選舉權，並不是去監督遴委會的開會程序，也不是去審查被推薦人的資料是否完整，這是台大校方應盡的義務。
「將來國立大學校長遴選委員會中的教育部代表，還有誰敢參加？」面對外界對他的質疑，姚立德認為自己和其他遴委都一樣，是獨立行使選舉，而不是監督。
高教風暴不斷，國教也難接招
歷經管爺這場高教界風暴後，如今教育部的人事終於底定。但細看現在的教育部高層名單，部長吳茂昆、新政次林福來、曾任北科大校長的姚立德都是高教代表，僅由常次林騰蛟有國教經驗。外界擔憂，教育部到底會不會在國教棄守？
事實上，由於吳茂昆個人的爭議，全教總和全教產已發起「拒絕吳茂昆」的活動，要求吳茂昆下台，由政院另覓其他適宜人選。全教總理事長張旭政表示，若吳茂昆未下台，工會教師代表將從全數退席所有由教育部長作為主席的會議。
若工會成員皆退席，會帶來什麼影響？事實上，全教總分別在12年國教課綱審議會、性別平等審議委員會、教育經費稽核委員會等會議都有教師代表，若全退出將對會議造成影響。
12年國教課綱預定在明年上路，目前進度仍然很趕，如今課審會因教師代表退出，可能難以召開。管案還沒落幕，國教議題也跟著來，由新部長吳茂昆所帶領的教育部該如何應對？有待關注。
