印花稅實施至今，外界常有重複課稅、易逃漏稅等疑慮，且隨著經濟成長及稅法立法技術越趨成熟，印花稅的重要性也越顯式微，因此，行政院院會在108年通過財政部的「印花稅法廢止說明」；不過，對於印花稅存廢問題，去（112）年5月財政部長莊翠雲在立院報告時表示，由於替代財源籌措仍有困難，為保障地方財政自主空間、避免影響地方建設發展，印花稅目前不宜廢止。
適逢選舉年，稅制改革呼聲也逐漸加大，印花稅到底問題出在哪？若要廢除，又發生何種困境，導致廢止計畫延宕到至今？
印花稅雙重課稅？財政部官員：民眾誤會
我國目前對4種憑證課徵印花稅，包含「銀錢收據」、「買賣動產契據」、「承攬契據」與「典賣、讓受及分割不動產契據」，而印花稅課徵已開始衍生不少問題。
首先，同一交易行為須核課印花稅及營業稅等稅目，外界時有重複課稅的疑慮，對此，財政部官員表示，民眾對於買賣貨物後，除了繳交營業稅等針對營業行為所課徵的稅項外，仍要「額外」繳交印花稅而感到遭重複課稅；不過，其實現今稅法針對兼具營業發票性質之銀錢收據，及兼具銀錢收據性質的營業發票，早在民國75年已修法不再課徵印花稅。
該官員強調，印花稅針對契據開徵，與其他稅款稅基不同，再加上針對部分收據、發票的排除機制，該官員認為，「重複課稅」其實只是民眾不太認識印花稅的課徵範圍所導致的錯誤認知，「經過我們積極宣導後，重複課稅議題現在應該比較不會有了」。
印花稅實務問題多：憑證判定爭議、逃漏稅容易、數位化時代來臨
雖然財政部認為「重複課稅」暫無疑慮、是個「誤會」，但印花稅在課徵過程中，也時常出現實務上的判定問題，如徵納雙方對於是否構成課稅憑證，及究屬何類課稅憑證，時常出現爭議，需要財政部進行判斷，如預拌水泥、現場灌漿作業，究竟是承攬契據（每件按金額千分之一 ）或買賣動產契據（每件稅額4元）；以及印花稅採貼花或彙總申報完稅，方式財部不易控管，民眾容易因各種原由忘記或逃漏印花稅。
此外，有時也會出現國內企業將主張合約於國外簽訂以規避稅負的情況，再加上印花稅稅源可跨縣市移動，例如汽車等動產，使用人稅籍在高雄、動產買賣地在台北，兩地皆可繳稅，可能造成地方政府間爭稅、的情形。
最後，再加上進入數位化時代，紙本憑證日益減少，使用電子郵件作為交易憑證，是否屬於印花稅課徵範圍，認定上只會越來越容易產生爭議，因此賦稅改革委員會才會多次建議廢除，「不合時宜」也成為印花稅的標籤之一。
地方替代財源何來？學者：新增稅目或中央彌補地方20年稅損
印花稅屬100％直轄市及縣（市）收入，若廢除對於地方整體稅收及財政安排會有重大影響，也成為地方政府對廢除印花稅十分反對的主要原因。若以雙北為例，111年度稅課收入為新台幣1,286億元，印花稅為歲入貢獻51億元；新北市稅課收入1,097億元，印花稅則15.43億元，雖看起來不多，但在地方財政困難的情況下，即使只廢除印花稅，勢必會嚴重衝擊地方財政。財政部官員也補充，若每年由中央補助地方，將依照各地方政府狀況分配，有多有少，而不像印花稅直接入庫，也是地方政府不同意廢除的原因。
（更多新聞：財劃法24年未修 中央、地方稅失衡再擴大 黃耀輝：中央需先解決垂直失衡！）
對於廢除印花稅，地方政府的替代財源如何解決，國立台北商業大學財稅系教授黃耀輝指出2辦法，第一即是新增稅目替代印花稅，如「碳稅、能源稅」等，這是最佳解；第二，入法明訂中央需彌補地方20年廢除印花稅之稅收虧損，並且也需考量當年通膨率進行調整。
不過，黃耀輝強調，其實從源頭解決－《財劃法》修法，將國稅、地方稅「垂直失衡」的問題解決、降低地方財政壓力，利用國稅改地方稅等方式，將全國收入至少10％（約3千億）下放，才是一勞永逸的作法，如此就算廢除印花稅也不會造成地方政府過大反彈。
至於外界建議的另一種作法，調升營業稅，黃耀輝則直言，「沒有道理」，營業稅屬國稅，砍地方稅卻調高國稅稅率，只會更惡化中央、地方財政垂直不平衡的現況。根據財劃法，營業稅減除依法提撥的統一發票給獎獎金後40％，需繳給中央做為中央統籌分配稅款來源。
